R 如何找到将特定数据与名称合并的方法?
我试图在我的数据中找到特定基因的名字。到目前为止,我就是这么做的:R 如何找到将特定数据与名称合并的方法?,r,R,我试图在我的数据中找到特定基因的名字。到目前为止,我就是这么做的: gnames = unique(data_rd[,1]) gnames= gnames[2:length(gnames)] 小昆虫包含我必须找到名字的所有基因 gdata = lapply(list_of_data,function(x) x[3:nrow(x),1,9]) gdata是一组有名称的基因,但存在于不同的文件中,其中一些可能在少数文件中重复 这就是我创建\u数据列表的方式: tbl = list.files
gnames = unique(data_rd[,1])
gnames= gnames[2:length(gnames)]
小昆虫包含我必须找到名字的所有基因
gdata = lapply(list_of_data,function(x) x[3:nrow(x),1,9])
gdata是一组有名称的基因,但存在于不同的文件中,其中一些可能在少数文件中重复
这就是我创建\u数据列表的方式:
tbl = list.files(pattern="*.csv")
list_of_data = lapply(tbl, read.csv)
让我们用一个例子来解释:
gnames:
Gene1
Gene2
Gene3
Gene4
Gene5
Gene6
Gene7
gdata:
Gene1 NameOfGene1
Gene5 NameOfGene5
Gene7 NameofGene7
Gene2 NameOfGene2
Gene6 NameOfGene6
Gene3 NameOfGene3
Gene4 NameOfGene4
我想通过查看这个列表中的数据,从gnames中找到所有基因的名称
> head(gnames)
[1] "ZZ_FGCZCont0025" "ZZ_FGCZCont0099" "ZZ_FGCZCont0126" "ZZ_FGCZCont0146"
[5] "AT1G19570" "ZZ_FGCZCont0158"
> head(gdata) ## edited, too big.
[[1]]
X
3 ZZ_FGCZCont0025
4 ZZ_FGCZCont0099
5 ZZ_FGCZCont0126
6 ZZ_FGCZCont0146
7 AT1G19570.1
8 ZZ_FGCZCont0158
9 AT5G38480.1
10 ZZ_FGCZCont0050
X.8
3 gi|1346343|sp|P04264| K2C1_HUMAN KERATIN, TYPE II CYTOSKELETAL 1 (CYTO
4 sp|K1C9_HUMAN|
5 gi|71528|pir|| KRHU0 keratin 10, type I, cytoskeletal (clone lambda-KH
6 sp|K22E_HUMAN|
7 | Symbols: DHAR1, ATDHAR1, DHAR5 | dehydroascorbate reductase | chr1:6773462-6774413 REVERSE LENGTH=213
8 gi|88041|pir||A31994 keratin 10, type I, epidermal - human gi|623409 (
9 | Symbols: GRF3, RCI1 | general regulatory factor 3 | chr5:15410277-15411285 FORWARD LENGTH=255
10 gi|71536|pir|| KRHU2 keratin, 67K type II cytoskeletal - human (fragme
尝试:
我使用以下数据进行了测试:
set.seed(123)
gnames <- sample(LETTERS, 10)
num.rows <- sample(10:12)
gdata <- lapply(num.rows, function(i)data.frame(X = sample(LETTERS, i),
Name = sample(LETTERS, i)))
set.seed(123)
谢谢你的回答和一些我应该如何对待我的数据的提示!非常有帮助!
set.seed(123)
gnames <- sample(LETTERS, 10)
num.rows <- sample(10:12)
gdata <- lapply(num.rows, function(i)data.frame(X = sample(LETTERS, i),
Name = sample(LETTERS, i)))