R矩阵的DNA成对距离

在处理DNA时，我们通常需要三角p距离矩阵，它包含序列对之间不相同位点的比例。因此：

阿格特

AGCTA

阿格塔

收益率：

      1    2
2   0.4
3   0.2  0.2

p距离计算在某些R包中可用，但假设我需要使用数字代码（-1,0,1,2），而不是字母（C，T，A，G）。如何从“my.matrix”生成三角形p-距离矩阵

定义DNA矩阵维度 bp=5#DNA基质长度 n=3#DNA基质高度 #建立二元矩阵

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嘌呤我不确定你在用my.matrix做什么，但这应该适用于字符或数字

x<-c("AGGTT", "AGCTA", "AGGTA")
y<-do.call("rbind", strsplit(x, "")) 
y
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] "A"  "G"  "G"  "T"  "T" 
[2,] "A"  "G"  "C"  "T"  "A" 
[3,] "A"  "G"  "G"  "T"  "A" 
z <- apply(y, 1, function(x) colMeans(x != t(y)) )
z
     [,1] [,2] [,3]
[1,]  0.0  0.4  0.2
[2,]  0.4  0.0  0.2
[3,]  0.2  0.2  0.0

…这将返回距离矩阵中的第一行

colMeans(y[1,] != t(y))
[1] 0.0 0.4 0.2

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谢谢Chris S。我不经常使用apply函数，所以它让我有点困惑。谢谢你的解释！

y[1,] == t(y)
     [,1]  [,2]  [,3]
[1,] TRUE  TRUE  TRUE
[2,] TRUE  TRUE  TRUE
[3,] TRUE FALSE  TRUE
[4,] TRUE  TRUE  TRUE
[5,] TRUE FALSE FALSE

colMeans(y[1,] != t(y))
[1] 0.0 0.4 0.2