R 函数的调试优化

我有一个函数，当被要求计算-logLik给定参数时，它工作得很好。但是，如果我尝试优化函数，它会返回一条错误消息。我熟悉使用

debug（）

来解决函数的问题，但是如何调试othwerwise工作的函数的优化呢

Lik <- function(params, data) { 
....
return(-log( **likelihood equation** ))
}

Gene132.60705

基因1 32.31657

这不行

optim(params=c(3,10,2,9,rowMeans(data[1,])[1]), data = data1, Lik, method = "BFGS")

optim中的错误（参数=c（3,10,2,9，rowMeans（数据[1，]）[1]），数据=data1，： 无法将类型“closure”强制为类型为“double”的向量

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使用内置函数名作为用户创建（或将创建）的对象名是一种不好的做法

当用户尚未创建“数据”对象（矩阵或数据帧）时，R解释器扫描环境，发现唯一名为“数据”的对象是内置的“数据”函数：

> class(data)
[1] "function"
> str(data)
function (..., list = character(), package = NULL, lib.loc = NULL, verbose = getOption("verbose"), 
    envir = .GlobalEnv)  

因此R将“数据”对象视为无法子集的闭包（函数声明）：

> data[1]
Error in data[1] : object of type 'closure' is not subsettable

因此，您应该将参数的名称更改为除数据以外的其他名称

第二点，optim的语法是：

optim(par, fn, gr = NULL, ...,
           method = c("Nelder-Mead", "BFGS", "CG", "L-BFGS-B", "SANN",
                      "Brent"),
           lower = -Inf, upper = Inf,
           control = list(), hessian = FALSE)

因此，在您的示例中，提供给optim的第二个参数应该是函数Lik，而不是数据。解释器尝试将data1解释为闭包。您可以尝试交换data1和Lik的位置

更重要的是@李哲源Zheyunali还指出，optim中并没有名为“data”的参数。您只需将其写为“data1”来代替附加的函数参数“…”

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最后，正如@Aaron指出的，第一个参数名为“par”，而不是params“

要优化的参数的

optim

参数名是

par

，而不是

params

。您不需要更改

Lik

函数，它只需要将要优化的参数作为第一个参数，名称无关紧要

这应该行得通。在这里，我也将

fn

参数命名为，但因为其他参数被命名为位置查找，所以它也行得通

optim(par=c(3, 10, 2, 9, rowMeans(data[1, ])[1]), 
      data=data1, fn=Lik, method="BFGS")

因此，代码中发生的事情是，它同时保存

params

和

data

以发送到函数，然后第一个未命名的参数是

Lik

，因此它与

optim

的第一个参数匹配，即

par

，即要优化的参数。该参数应为数字（从技术上讲是双精度的），但您发送给它的是一个函数（从技术上讲是闭包），因此会显示错误消息

要进行调试，您可以打开optim的调试

debug（optim）

，然后在第一次浏览时，探索它使用的参数。您会发现这一点，尽管只是在探索这些参数时，您会发现它们的命名不正确

Browse[2]> print(par)
function(params, data) {... return(-log( **likelihood equation** ))}
Browse[2]> print(fn)
Error in print(fn) : argument "fn" is missing, with no default

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查看

？optim

，了解函数应该如何定义。更多选项将传递给函数，因此将数据作为参数是可以的。问题是要优化的参数的

optim

参数名是

par

，而不是

params

。您不需要更改

Lik

函数n、 它只需要将参数作为第一个参数进行优化，名称并不重要@李哲源ZheyuanLi没错，另一个问题是optim的参数顺序。data=data1和Lik放错了位置。当然，optim没有名为“data”的参数正如您也指出的。命名参数

数据

并不是代码中的问题。虽然我通常同意命名某个

数据

是个坏主意，但在函数中使用它作为参数是另一回事。这是通常做的（例如在

lm

中）并且在你想要优化的函数类型上是有意义的。

Browse[2]> print(par)
function(params, data) {... return(-log( **likelihood equation** ))}
Browse[2]> print(fn)
Error in print(fn) : argument "fn" is missing, with no default