R：将文件名传递给参数

目前正在从物种列表中绘制生物信息图，行分隔。我有五个基因覆盖，我正在生成匹配物种的重叠（即核糖体基因覆盖率比较）

RScript VennGenSpec.R Gene1Spec Gene2Spec Gene3Spec Gene4Spec Gene5Spec Output

现在我正在以pdf格式生成五个集合维恩图，但我想对函数进行概括，以允许不同数量的物种集合。如何生成一些读取可变数量列表的循环？（例如，根据输入的数量，生成4套VENN和7套VENN。）

RScript VennGenSpec.R Gene1Spec Gene2Spec Gene3Spec Gene4Spec Gene5Spec Output

#安装维恩软件包
#安装软件包（“venn”）
图书馆（“维恩”）
#加载分类表
args如果没有数据来测试代码，就不可能知道下面的内容是否符合您的要求，但至少很明显，它相当于您的代码，而且简单得多

RScript VennGenSpec.R Gene1Spec Gene2Spec Gene3Spec Gene4Spec Gene5Spec Output

它一次读取所有data.frames并将它们保存在列表中，
fi
。然后，提取每个df的第一列，并将结果向量列表传递给
venn

RScript VennGenSpec.R Gene1Spec Gene2Spec Gene3Spec Gene4Spec Gene5Spec Output

library("venn")

# load taxa lists
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

n <- length(args)
fi <- args[-n]
out <- args[n]

##get lists
a <- lapply(fi, read.table)
##get first column of each data.frame
a1 <- lapply(a, `[[`, 1)

#set pdf output
pdf(paste(out, "pdf", sep = "."))

#plot venn
venn(a1, 
     snames = paste0("G", seq_along(a1)), 
     counts = NULL, ellipse = FALSE, 
     zcolor = "style", size = 15, 
     cexsn = 1, borders = TRUE
     )
dev.off()

library（“venn”）
#加载分类表
啊，谢谢你的简化！它似乎确实与许多案例一起运行。我肯定能够以这种方式在另一个脚本上使用Lappy。[老实说，这是我第一次尝试R中的某些东西，我这样做是作为一个周末/学习经验。]是否可以将文件名传递到数据框，并将其用于标记集合列表？从较大的数据集中选择后，所有输入文件都标有感兴趣的基因##获取列表a