R-调用导入文件夹时未找到文件，但作为单个文件打开并列出。文件显示全部？

我以前成功地使用过一些代码。它应该将给定目录中的所有文件导入到单个数据集中。我有一个新的数据文件夹，现在我无法让它工作。各个文件将被读入。List.files还将显示文件夹中的所有文件。所以我不知所措

list.files('../data/')
[1] "B101-2.txt" "B101.txt"   "B116.txt"   "B6.txt"     "B65.txt"    "B67-2.txt"  "B67.txt"   
[8] "B70.txt"    "B71-2.txt"  "B71.txt"    "B95-2.txt"  "B95.txt"    "B96-2.txt"  "B96.txt"   
[15] "B98-2.txt"  "B98.txt"    "B99-2.txt"  "B99.txt"   

a = ldply(
.data = list.files(
    path = '../data/'
        )
, .fun = function(x){
    from_header = scan(x,n = 1,skip=1,quiet=T)
    to_return = read.table(
        file = x
        , skip = 20
        , sep = '\t'
        , fill = TRUE
            )
    to_return$condition = from_header[1]
    return(to_return)
        }
, .progress = 'text'
)

文件（文件“r”）中出错：无法打开连接 此外：警告信息： 在文件中（文件“r”）： 无法打开文件“B101-2.txt”：没有此类文件或目录

list.files（“../data/”）

显示文件的输出，如

B101-2.txt

等，但是从调用

list.files（）

可以看到相对路径是

。/data/

。因此，如果您尝试这样做，例如，

read.csv（file=“B101-2.txt”）

就会失败。相反，调用应该是

read.csv（file=“../data/B101-2.txt”）

。问题的解决方案是使用寻址文件所需的完整相对路径

将此用作

ldply（）

的第一个参数：

---

关键是

list.files（）

返回文件名列表（带扩展名），而不是这些文件的完整路径或相对路径。

可以直接在

list.files

中指定完整路径名

list.files(path = '../data', full.names = TRUE)

注意路径规范中省略了

/

。如果保留在中，文件将列为

.data//B101-2.txt

，这将失败

测试模拟您在中注意到的文件结构：

现在，我们从analysis文件夹中运行您的代码

setwd("analysis")
a = ldply(
.data = list.files(path = '../data', full.names = TRUE)
, .fun = function(x){
    from_header = scan(x,n = 1,skip=1,quiet=T)
    to_return = read.table(file = x, skip = 20, sep = '\t', fill = TRUE)
    to_return$condition = from_header[1]
    return(to_return)
        }
, .progress = 'text'
)

代码读入所有三个文件，并为每个文件输出第21-22行

a
  V1 V2 V3 condition
1  1  2  3         1
2  4  5  6         1
3  7  8  9         2
4 10 11 12         2
5 13 14 15         3
6 16 17 18         3

---

这并没有解决问题。该文件结构是一个包含分析和数据子文件夹的项目，这就是为什么“./data/”向上和向下进入数据文件夹的原因。我可以读取单个文件。读取整个文件夹的调用失败。一个接一个地读取它们会很痛苦。请给我一个文件的相对路径，您可以读取。

list.files（“../data/”）

[1]“B101.txt”。。。它可以工作` to_return=read.table（file='../data/B101.txt'，skip=20，sep='\t'，fill=TRUE）`这可以工作，但是当我尝试使用函数读取我得到的所有文件时：文件中出错（文件，“r”）：无法打开连接另外：警告消息：文件中（文件“r”）：无法打开文件“B101.txt”：没有此类文件或directory@OrianeLandry这将读取我的虚拟示例中所有必需的文件。您的工作目录是否如TimBiegeleisen的回答中所述设置为“测试/分析”，其中您的数据将位于“测试/数据”中？是的，工作目录为“测试/分析”。相同的错误消息。

setwd("analysis")
a = ldply(
.data = list.files(path = '../data', full.names = TRUE)
, .fun = function(x){
    from_header = scan(x,n = 1,skip=1,quiet=T)
    to_return = read.table(file = x, skip = 20, sep = '\t', fill = TRUE)
    to_return$condition = from_header[1]
    return(to_return)
        }
, .progress = 'text'
)

a
  V1 V2 V3 condition
1  1  2  3         1
2  4  5  6         1
3  7  8  9         2
4 10 11 12         2
5 13 14 15         3
6 16 17 18         3