R 使用循环和if-else语句有条件地处理（bgzip、tabix）文件

我有一些

.vcf

文件。我已从目录中选择了这些文件，并希望将它们转换为其他两种格式

在这里使用

if

和

else if

我有点困惑。我想这样做：如果

[I]

th

.vcf

文件没有

.bgz

文件，我想将其转换为

.bgz

文件，保留原始文件

如果已经有

.bgz

文件，但没有

.bgz.tbi

文件用于

.bgz>.bgz

文件，那么我想将

.bgz

文件转换为

.bgz.tbi

文件，保留从

.vcf

文件获得的原始

.bgz

有人能帮我完成这个循环吗？它适用于if条件，但不知道如何从那里开始

  path.file<-"/mypath/for/files/" 
  all.files <- list.files("/mypath/for/files")
  all.files <- all.files[grepl(".vcf$",all.files)]

for (i in 1:length(all.files)){
 if(!exists(paste0(all.files[i],".bgz"))){
  bgzip(paste0(path.file,all.files[i]), overwrite=FALSE)
  }else{(!exists(paste0(all.files[i],".bgz",".tbi"))){
  #if(!exists(paste0(all.files[i],".bgz",".tbi"))){
  indexTabix(paste0(paste0(path.file,all.files[i]),".bgz"), format="vcf")
  }
 }

path.file试试这个（未测试）：

#获取带有路径的VCF文件
请注意：在这篇文章中，所有
.bgz
都应该是
.gz
。
#get VCF files with path
all.files <- list.files("/mypath/for/files", pattern = "*.vcf$",
                        full.names = TRUE)

for (i in all.files) {
  #make output names, so we don't mess about with paste
  file_bgz <- paste0(i, ".bgz")
  file_bgz_tbi <- paste0(i, ".bgz.tbi")

  #if bgz exists don't zip else zip
  if(!exists(file_bgz))
    bgzip(i, paste0(i, ".bgz"))

  #if tbi exists don't index else tabix
  if(!exists(file_bgz_tbi))
    indexTabix(file_bgz, format = "vcf")
  }