在R中更改系统发育中的尖端标签

我有一个

csv

文件，其中包括数百个物种的名称，它们的出现顺序与我的系统发育中的

$tip.labels

相同。我想用新的物种名称替换这些物种名称，以便与从

$tip.labels

输出的原始物种名称的顺序相同。我想保留我的树拓扑，只是想用新的分类名称更新我的系统发育

$tip.labels的输出：

old_taxonomic_names
old_species_name_1
old_species_name_2
old_species_name_3
...

使用更新的分类法输入：

new_taxonomic_names
new_species_name_1
new_species_name_2
new_species_name_3
...

---

考虑以下玩具示例：

library("ape")

orig_tiplabels <- c("Alice", "Bob", "Cindy")
orig_tree <- rtree(n = 3, tip.label = orig_tiplabels)
plot(orig_tree)

new_tiplabels <- c("Debbie", "Elrond", "Frank")
orig_tree$tip.label <- new_tiplabels
plot(orig_tree)

library（“ape”）
你能提供一些数据和预期输出吗？我的理解正确吗？您想保留树拓扑并交换尖端标签？是的，保留树拓扑并交换尖端标签，那么为什么不直接将新物种列表写入尖端标签？它应该能工作（你只需要回复树）。我该怎么做？我更新了我的后请参考我发布的答案。不明白为什么你真的需要你的“评论时间太长”免责声明，这似乎是一个完全合理的答案。。。使用
match（）
的解决方案可能会稍微安全一些，因为它不依赖于知道/查找提示的顺序…主要是因为图像。以前从未使用过
match（）
，你能告诉我怎么做吗？我的观点是，我认为你不需要免责声明<代码>新建树我有一个新的但相关的帖子：