R-如何重新加载功能（或更改包优先级）

我正在使用矩阵库处理稀疏矩阵。有时，我需要运行一个使用Bioconductor包的函数，该包依赖于S4Vectors库。不幸的是，矩阵中的“colSums”函数与S4Vectors中的“colSums”函数冲突。因此，当我运行这个函数时，它破坏了我的“colSums”函数，这真的很烦人

我知道这个问题有两种常见的解决方案： 1） 在加载矩阵库之前加载Bioconductor包-但是，我很少使用此函数，因此我更愿意只在需要时加载Bioconductor包。 2） 不要调用“colSums”，而是调用“Matrix:：colSums”-然而，这非常不方便，我需要更改我的整个代码库

理想情况下，我只需加载Bioconductor包，运行我的函数，然后通过卸载Bioconductor包或重新加载Matrix包来清理我的环境。然而，我在做这些方面有困难。首先，是否可以重新加载矩阵：：colSums（以替换S4Vectors：：colSums）？其次，当我尝试卸载S4Vectors时，R会抱怨，因为许多其他包都依赖于它

所以除了一个显而易见的问题，为什么S4Vectors的函数与R中最常用的稀疏矩阵包冲突，我想知道这个问题的最佳解决方案是什么？简单地重新加载一个包可能不会那么困难，对吗？

示例：

library(lubridate)

卢布德里德日期超过了日期。弹出一条消息说：以下对象被“package:base”屏蔽：date 但是您仍然可以使用原始的日期函数

base::date()

---

所以你不用看装载顺序。只需具体说明您使用的函数

正如您所知，正确的方法是编写

Matrix:：colSums

一个不需要重写代码的简单解决方案是添加一行代码

colSums <- Matrix::colSums

例2<代码>plyr获胜

# unload libraries
unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)

关键是搜索顺序，您可以通过

search

功能找到该顺序。 下面，您可以看到

plyr

位于

dplyr

之前

search()
# [1] ".GlobalEnv"        "package:plyr"      "package:dplyr"     "tools:rstudio"    
# [5] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"    
# [9] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         "package:base" 

例3。您可以指定要在搜索列表中加载库的位置<代码>位置参数

unloadNamespace("plyr")
unloadNamespace("dplyr")    

library(plyr)
library(dplyr, pos=length(search()))
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>

search()
# [1] ".GlobalEnv"        "package:plyr"      "tools:rstudio"     "package:stats"    
# [5] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
# [9] "package:methods"   "Autoloads"         "package:dplyr"     "package:base" 

然后，

S4Vector

将按搜索顺序放置在

矩阵

之后

另一个解决方案 如果要重新加载矩阵，还可以执行以下操作：

library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>

unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr> 

库（dplyr）
图书馆（plyr）
环境（安排）
# 
unloadNamespace（“dplyr”）
图书馆（dplyr）
环境（安排）
#  

谢谢！这是一个完美的解决方案，我非常感谢您的帮助。更新：Kota Mori推荐了最好的解决方案，使用“unloadNamespace”函数在重新加载矩阵包之前先卸载它。

library(S4Vector, pos=10)  # replace 10 by an appropriate large number
library(Bioconductor)  

library(dplyr)
library(plyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:plyr>

unloadNamespace("dplyr")
library(dplyr)
environment(arrange)
# <environment: namespace:dplyr>