R 删除ggplot、PCA中的样本名称
我想删除PCA图中的标签并添加点。通过这种方式,您可以很容易地看到它们是否基于其类型进行集群 我已经成功地将标签交叉贴的颜色添加到它们的类型中,但我不想看到样本的名称。我只想看到代表样品的点 这是我到目前为止的PCA图: 我使用这个示例来执行PCA,如何删除样本名称并添加点R 删除ggplot、PCA中的样本名称,r,ggplot2,label,pca,R,Ggplot2,Label,Pca,我想删除PCA图中的标签并添加点。通过这种方式,您可以很容易地看到它们是否基于其类型进行集群 我已经成功地将标签交叉贴的颜色添加到它们的类型中,但我不想看到样本的名称。我只想看到代表样品的点 这是我到目前为止的PCA图: 我使用这个示例来执行PCA,如何删除样本名称并添加点 library(ggplot2) data.matrix <- matrix(nrow=100, ncol=10) colnames(data.matrix) <- c( paste("wt", 1
library(ggplot2)
data.matrix <- matrix(nrow=100, ncol=10)
colnames(data.matrix) <- c(
paste("wt", 1:5, sep=""),
paste("ko", 1:5, sep=""))
rownames(data.matrix) <- paste("gene", 1:100, sep="")
for (i in 1:100) {
wt.values <- rpois(5, lambda=sample(x=10:1000, size=1))
ko.values <- rpois(5, lambda=sample(x=10:1000, size=1))
data.matrix[i,] <- c(wt.values, ko.values)
}
head(data.matrix)
dim(data.matrix)
pca <- prcomp(t(data.matrix), scale=TRUE)
## plot pc1 and pc2
plot(pca$x[,1], pca$x[,2])
## make a scree plot
pca.var <- pca$sdev^2
pca.var.per <- round(pca.var/sum(pca.var)*100, 1)
barplot(pca.var.per, main="Scree Plot", xlab="Principal Component", ylab="Percent Variation")
## now make a fancy looking plot that shows the PCs and the variation:
pca.data <- data.frame(Sample=rownames(pca$x),
X=pca$x[,1],
Y=pca$x[,2])
pca.data
ggplot(data=pca.data, aes(x=X, y=Y, label=Sample)) +
geom_text() +
xlab(paste("PC1 - ", pca.var.per[1], "%", sep="")) +
ylab(paste("PC2 - ", pca.var.per[2], "%", sep="")) +
theme_bw() +
ggtitle("My PCA Graph")
库(ggplot2)
data.matrix您可以通过将geom_text()
替换为geom_point()
:
尝试用geom_point
替换geom_text
您也可以在本页上找到答案:只需使用geom_point()函数中的size=
选项即可。例如,+geom_点(大小=5)
。
ggplot(data=pca.data, aes(x=X, y=Y, label=Sample)) +
geom_point() +
xlab(paste("PC1 - ", pca.var.per[1], "%", sep="")) +
ylab(paste("PC2 - ", pca.var.per[2], "%", sep="")) +
theme_bw() +
ggtitle("My PCA Graph")