R中的核岭回归（用于药物-靶点相互作用）

很难找到关于实现KRR的任何信息，因此任何微小的输入都将受到高度赞赏

我想在我计算过的一组内核上运行内核岭回归，但我不知道如何在R中实现。我从CVST包中找到了ConstructorKrlerLearner函数，但手册一点也不清楚，特别是对于我这个机器学习的完全初学者来说。这个函数需要x和y，但我不知道在那里输入什么，因为我只有一个数据帧，它的成对内核被计算为药物和蛋白质之间的kronecker乘积

如何在R中执行内核岭回归任务

理想情况下，我还希望可视化我的数据点，然后在绘图上显示回归线！例如：

关于我的数据集的更多信息

我有一个药物靶点相互作用（DTI）数据集。数据集包括100种药物化合物（行）和100种蛋白激酶靶点（列）。此数据集中存在一些NAN（缺少值）。此数据集中的值反映化合物与目标结合的紧密程度

我有毒品的微笑和化学药品

我有蛋白质的（目标）序列和UNIPROT ID

对于药物[100种药物]：我将药物微笑转换为SDFset，然后使用OpenBabel计算每种药物的指纹。根据这些指纹，我计算了所有可能的药物组合的谷本核。（使用“fpSim”功能），例如，药物1与药物2、3、4。。。10然后药物2和药物1，3，4。。。100，依此类推，直到药物99与药物100。我把这种碱粒命名为药粒

对于蛋白质：我有蛋白质序列，所以我计算了所有蛋白质对组合的史密斯-沃特曼分数；e、 g.蛋白质1与蛋白质2、3、。。。100，然后是蛋白质2和蛋白质1，3，4。。。100等等，直到蛋白质99与蛋白质100结合。我把这个碱基叫做蛋白质

然后我计算了碱-药物-蛋白质-核之间的克朗内克系数，这给了我一个100000000个元素的矩阵。我把这个矩阵命名为KRONECKER_产品

我希望在矩阵KRONECKER_产品上运行内核岭回归