ggplot2/Rstudio图形渲染速度慢-GPU问题?
我正在使用ggplot2从包含大约500k行的表中创建一个图表 在我的Ubuntu20.04笔记本电脑(CPU i5 8265U)上,它大约需要15秒,并在Rstudio的绘图选项卡中正确显示。现在我刚买了一台装有win 10的PC,一台更好的CPU(i5 10400F)和一个GPU(GTX 1660 Super)。同样的图表需要永远建立。如果我等待的时间足够长,我会让代码在10分钟内运行,但仍不会显示在绘图选项卡中 不幸的是,我无法共享数据,因此无法制作reprex,图表的代码为:ggplot2/Rstudio图形渲染速度慢-GPU问题?,r,windows,ubuntu,ggplot2,R,Windows,Ubuntu,Ggplot2,我正在使用ggplot2从包含大约500k行的表中创建一个图表 在我的Ubuntu20.04笔记本电脑(CPU i5 8265U)上,它大约需要15秒,并在Rstudio的绘图选项卡中正确显示。现在我刚买了一台装有win 10的PC,一台更好的CPU(i5 10400F)和一个GPU(GTX 1660 Super)。同样的图表需要永远建立。如果我等待的时间足够长,我会让代码在10分钟内运行,但仍不会显示在绘图选项卡中 不幸的是,我无法共享数据,因此无法制作reprex,图表的代码为: >
> t1 <- Sys.time()
> gr_dbh_h <- tree16_temp %>%
+ filter(lu_en_simple2 %in% c("Evergreen Forest", "Deciduous Forest")) %>%
+ select(dbh, h, live_dead, lu_en_simple2_f) %>%
+ ggplot() +
+ geom_point(aes(x = dbh, y = h, color = live_dead), alpha = 0.5, shape = 3) +
+ labs(color = "", x = "Diameter at breast height (cm)", y = "Tree total height (m)") +
+ facet_wrap(~lu_en_simple2_f)
> t2 <- Sys.time()
> t2 - t1
Time difference of 0.1159708 secs
> gr_dbh_h
> t3 <- Sys.time()
> t3 - t2
Time difference of 9.901076 mins
在win10上:
> t2 - t1
Time difference of 23.292 secs
那么主要的问题是,一个系统如何在10秒内绘制图形,而另一个系统如何在10分钟以上绘制图形?即使使用基本的graph first系统,速度也要快两倍?
是Ubuntu还是Windows?GPU会干扰渲染吗?
Rstudio和R是同一个版本,在编写本文时所有包都是最新的
> sessionInfo()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Europe.1252 LC_CTYPE=English_Europe.1252 LC_MONETARY=English_Europe.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_Europe.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggthemr_1.1.0 devtools_2.3.1 usethis_1.6.1 webshot_0.5.2 tmap_3.1 bookdown_0.20 knitr_1.29
[8] sf_0.9-5 BIOMASS_2.1.3 scales_1.1.1 ggrepel_0.8.2 ggpubr_0.4.0 lubridate_1.7.9 forcats_0.5.0
[15] stringr_1.4.0 dplyr_1.0.2 purrr_0.3.4 readr_1.3.1 tidyr_1.1.2 tibble_3.0.3 ggplot2_3.3.2
[22] tidyverse_1.3.0
欢迎使用蹩脚的图形设备。在OSX上,保存为pdf然后在预览中打开pdf有时比在RStudio窗口中渲染图形要快。还有一个例子是,在一个图形设备中,文本渲染的时间比在另一个图形设备中长约300倍 我建议安装RStudio,安装软件包,然后在图形设置中将后端设置为agg:
这将为您提供良好的性能渲染。它还将解决默认Windows图形设备存在的其他一些问题,因此在任何情况下都是一个不错的选择。谢谢,我按照您的说明操作,获得了更好的性能!小问题是,我过去用ggsave保存绘图,单位为cm,但不知何故,它不受支持(请参阅)。仅供参考,我在我的电脑上的WSL上安装了Rstudio服务器,在3秒内获得了没有ragg的绘图,因此Win10 Rstudio渲染绘图有问题。
> t2 - t1
Time difference of 23.292 secs
> sessionInfo()
R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18363)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Europe.1252 LC_CTYPE=English_Europe.1252 LC_MONETARY=English_Europe.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_Europe.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggthemr_1.1.0 devtools_2.3.1 usethis_1.6.1 webshot_0.5.2 tmap_3.1 bookdown_0.20 knitr_1.29
[8] sf_0.9-5 BIOMASS_2.1.3 scales_1.1.1 ggrepel_0.8.2 ggpubr_0.4.0 lubridate_1.7.9 forcats_0.5.0
[15] stringr_1.4.0 dplyr_1.0.2 purrr_0.3.4 readr_1.3.1 tidyr_1.1.2 tibble_3.0.3 ggplot2_3.3.2
[22] tidyverse_1.3.0