在R中绘制聚类后的数据热图

我试图在聚类后创建矩阵的热图

heatmap(r.matrix, 
        distfun = dist(r.matrix, method="euclidean"), 
        hclustfun = hclust(dist(r.matrix, method="euclidean"), method ="ward"))

我在热图的帮助消息后使用了上述命令，但返回时显示以下错误消息：

Error in heatmap(r.matrix, distfun = dist(r.matrix, method = "euclidean"),  :
                 could not find function "hclustfun"

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如何进行聚类，并绘制聚类数据的热图，同时保留树状图？我可能没有很好地理解参数列表中的函数。

参数

distfun

和

hclustfun

应该是函数。您正在传递这些函数的结果，由于结果本身不是函数，因此会抛出错误。例如，您知道如何应用函数作为其第三个参数吗？然后它调用这个函数本身<代码>热图也是这样

试试这个：

heatmap(r.matrix, distfun=dist, hclustfun=function(d) hclust(d, method="ward"))

实际上，由于

dist

是默认参数（请参见

？heatmap

），因此可以从函数调用中省略

distfun

。必须为

hclust

创建匿名函数的唯一原因是默认方法不是“ward”

heatmap(r.matrix, hclustfun=function(d) hclust(d, method="ward"))