如何告知您在R中使用了哪些软件包

我有一个非常长的R脚本，其中包含许多if语句和异常情况。正如我一直在做的那样，if一直在导入和测试库，但并没有很好地记录它们。问题是，如果我从干净的安装中运行此脚本，我不确定脚本将运行哪些语句，以及需要哪些库

我的问题是：是否有R函数来测试脚本中使用了哪些库

---

编辑：我还没有使用所有已安装的库，所以打印（sessionInfo（））不会有用，但我只想用一个

install.packages

function

启动脚本。我不确定是否有一个好方法可以自动执行此操作。。。但你能做的是：

打开一个新的R控制台

使用

sessionInfo

检查您没有加载额外的包。
您可以使用

sessionInfo

检查这一点。如果默认情况下加载额外的包（例如使用.RProfile文件），我建议您避免这样做，因为这会导致灾难。
通常，您应该只加载基本包：

stats

、

graphics

、

grDevices

、

utils

、

数据集

、

方法

和

base

您可以使用以下方法卸载任何额外的库：

detach("package:<packageName>", unload=TRUE)

加载所需的包并重新运行步骤3-5，直到满足要求

---

您可能希望在GitHub上查看Revolution Analytics的checkpoint函数：

它做到了这一点，并解决了再现性问题。但我看不出它能报告你正在使用的东西的列表

但是，如果您仔细阅读了代码，您可能会有一些想法。

我以前使用过：

#/usr/bin/env bash
源文件=（$（git ls文件'*.R'））
grep-hE'\b（require | library）\（[\.a-zA-Z0-9]*\）“${source_files[@]}”\
sed'/^[：空格：]*#/d'|\
sed-E's/*\（[\.a-zA-Z0-9]*）\./\1/'\
sort-uf\
>取决于

这将使用Git收集项目中版本控制下的所有R文件。由于您无论如何都应该使用版本控制，这通常是一个很好的解决方案（尽管您可能希望调整版本控制系统）。对于项目不受版本控制的少数情况，您应该（1）将其置于版本控制之下。否则，（2）使用

find-regex'.*\.[rR]'

而不是

git ls文件'*.R'

它生成一个包含非常简单的依赖项列表的

---

它只找到对

库的直接调用

和

require

，但是–如果包装这些调用，脚本将无法工作。

当我需要将代码转换为包时，我也有类似的需要，因此我需要识别每个包依赖项，并导入或使用完整的限定名

在阅读《扩展R》一书时，我发现，

XRtools:：makeImports

可以扫描一个包，找到所有需要导入的包。这还不能解决我们的问题，因为它只适用于现有的包，但它提供了如何做到这一点的主要见解

我制作了一个函数并将其放入我的包

miscelper

。您可以安装该软件包，或者使用RStudio加载项菜单扫描当前文件或选定代码，或者使用命令行功能。每个外部函数（内部的fun_）和调用它的函数（用法）都将列在表中

现在可以转到每个函数，按F1键查找它所属的包。实际上，我有另一个软件包，它可以扫描所有安装的软件包中的函数名并构建一个数据库，但这可能会导致更多的误报，因为如果只加载一些软件包，则按F1键只搜索加载的软件包

请参见“我的软件包”页面中的用法详细信息

---

我发现NCmisc（

install.packages（“NCmisc”）

）中的

list.functions.in.file（）函数非常有帮助：

list.functions.in.file（文件名，字母=TRUE）

有关更多信息，请参见此链接：
根据每个人的回复，特别是对软件包的建议，我编写了一个小函数，用于输出目录中所有R脚本中使用的软件包列表，以及它们的频率

library(NCmisc)
library(stringr)
library(dplyr)

checkPacks<-function(path){

    ## get all R files in your directory
    ## by the way, extract R code from Rmd: http://felixfan.github.io/extract-r-code/
    files<-list.files(path)[str_detect(list.files(path), ".R$")]

    ## extract all functions and which package they are from 
    ## using NCmisc::list.functions.in.file
    funs<-unlist(lapply(paste0(path, "/", files), list.functions.in.file))
    packs<-funs %>% names()

    ## "character" functions such as reactive objects in Shiny
    characters<-packs[str_detect(packs, "^character")]

    ## user defined functions in the global environment
    globals<-packs[str_detect(packs, "^.GlobalEnv")]

    ## functions that are in multiple packages' namespaces 
    multipackages<-packs[str_detect(packs, ", ")]

    ## get just the unique package names from multipackages
    mpackages<-multipackages %>%
               str_extract_all(., "[a-zA-Z0-9]+") %>%
               unlist() %>%
               unique()
    mpackages<-mpackages[!mpackages %in% c("c", "package")]

    ## functions that are from single packages
    packages<-packs[str_detect(packs, "package:") & !packs %in% multipackages] %>%
              str_replace(., "[0-9]+$", "") %>%
              str_replace(., "package:", "") 

    ## unique packages
    packages_u<-packages %>%
                unique() %>%
                union(., mpackages)

    return(list(packs=packages_u, tb=table(packages)))

}

checkPacks("~/your/path")

库（NCmisc）
图书馆（stringr）
图书馆（dplyr）
checkPacks@Ethaan这并不是他真正想问的。我想你是在寻找剧本作者的铲铲/绝育工具。我认为您注定要运行脚本并在运行过程中安装软件包，弄清楚哪个功能来自哪个软件包。祝您在不同的包中使用相同名称的函数好运（这就是该工具方便的地方）。我发现
库（“sos”）；findFn（“foo”）
便于查找函数。@Ethaan不用担心，它实际上也是一个有用的链接！我不认为OP要求这样做，但我可能误解了这个问题。我想他问的是：他已经加载了几个库，但不确定哪一个是不必要的。如果您使用
[\.a-ZA-Z0-9]
而不是
\w
和
[[:alnum:]]
则可以捕获所有有效的R包名。是的，这正是我目前正在做的。在开始安装我目前下载的所有软件包时，我可能会有一些声明。-即使他们没有用，为什么会被否决？这不是首选选项有什么原因吗？请注意--您需要先加载包，否则NCmisc不知道函数来自哪个包。如果您使用的是RStudio，并且希望使用它来检查已打开的脚本，请运行
list.functions.in.file（rstudioapi:：getSourceEditorContext（）$path，alphatic=TRUE）
Nice工作正常，但它只检查加载的库。解决方案是加载本博客文章中描述的所有已安装的软件包：short:
lappy（.packages）(
library(NCmisc)
library(stringr)
library(dplyr)

checkPacks<-function(path){

    ## get all R files in your directory
    ## by the way, extract R code from Rmd: http://felixfan.github.io/extract-r-code/
    files<-list.files(path)[str_detect(list.files(path), ".R$")]

    ## extract all functions and which package they are from 
    ## using NCmisc::list.functions.in.file
    funs<-unlist(lapply(paste0(path, "/", files), list.functions.in.file))
    packs<-funs %>% names()

    ## "character" functions such as reactive objects in Shiny
    characters<-packs[str_detect(packs, "^character")]

    ## user defined functions in the global environment
    globals<-packs[str_detect(packs, "^.GlobalEnv")]

    ## functions that are in multiple packages' namespaces 
    multipackages<-packs[str_detect(packs, ", ")]

    ## get just the unique package names from multipackages
    mpackages<-multipackages %>%
               str_extract_all(., "[a-zA-Z0-9]+") %>%
               unlist() %>%
               unique()
    mpackages<-mpackages[!mpackages %in% c("c", "package")]

    ## functions that are from single packages
    packages<-packs[str_detect(packs, "package:") & !packs %in% multipackages] %>%
              str_replace(., "[0-9]+$", "") %>%
              str_replace(., "package:", "") 

    ## unique packages
    packages_u<-packages %>%
                unique() %>%
                union(., mpackages)

    return(list(packs=packages_u, tb=table(packages)))

}

checkPacks("~/your/path")