循环遍历R中目录中的所有文件

这是我第一次使用R，我只需要输入一个包含一些文件的包，并将输出保存在其他一些文件中。我有一个目录，其中有一些扩展名为.pdb的文件。我需要在for循环中遍历这些文件，应用一些函数，并将每个文件的输出（即矩阵）保存在一个文件中，以便以后在Matlab中使用

这些是我希望应用于每个.pdb文件的函数

p=extractPDB("1HXH.pdb")
cm<-build.contacts(n=p$lca,xyz=p$coords,cuts=169)$cm

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cm是我想保存在一个文件中的输出矩阵，以后在Matlab中使用。

循环使用具有特定扩展名的文件很容易。实际上，您可以循环使用文件名

获取目录中所有文件的列表 仅获取以pdb结尾的文件 在名称上运行一个循环 您可能必须使用setwd更改工作目录

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保存文件有很多选项，在matlab中读取文件时，最好将矩阵保存为csv文件。查看write.table的文档并调整参数，使其便于阅读。

您已经尝试过什么？为什么不起作用？从小事做起：如何处理一个文件？如何出口？如果可以这样做，请查看如何查找目录中的所有文件提示：list.files并重复操作。如果.pdb文件是蛋白质数据库，则可以使用函数在MatLab中直接打开它们

all.files <- list.files()
my.files <- grep(".*pdb", all_files, value=T)
for(i in my_files){
  # do your operations here
  p=extractPDB("1HXH.pdb")
  cm<-build.contacts(n=p$lca,xyz=p$coords,cuts=169)$cm
  # save
  output.filename <- gsub("(.*?).pdb", "\\1.csv", i)
  write.table(cm, output.filename)
}