edgeR-DESeq-Voom散点图

我是RNAseq的新手，我开始使用Limma软件包中的edgeR、DESeq和Voom进行差异分析

我有一个30对正常和肿瘤组织的数据框

由于每种方法都是不同的，并且给出了不同的结果，我想根据我使用的方法对每对夫妇做一个散点图。我想精确地绘制用于测试的数据

3种方法中的每一种都有这样做的方法吗？如果有，怎么做

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谢谢

DESeq2有一个功能，可以精确地绘制您要查找的内容（请参阅手册第6节）：

另一个选项是将每个包中的数据导出为csv，用于绘制图以比较方法。可以使用lattice软件包进行绘图。下面是一个示例，您可以运行并查看如何设置数据框以进行打印

#To do for one package at time:
attach(mtcars)
plot(wt, mpg, main="Scatterplot Example", 
    xlab="Car Weight ", ylab="Miles Per Gallon ", pch=19)

# Scatterplot Matrices from the lattice Package -  to compare all 3 packages 
library(lattice)
splom(mtcars[c(1,3,5,6)], groups=cyl, data=mtcars,
    panel=panel.superpose, 
   key=list(title="Three Cylinder Options",
   columns=3,
   points=list(pch=super.sym$pch[1:3],
   col=super.sym$col[1:3]),
   text=list(c("4 Cylinder","6 Cylinder","8 Cylinder"))))

这只是一些例子。如果您有数据或示例数据集，您可以共享它，并且解释如何绘制它会更容易

#To do for one package at time:
attach(mtcars)
plot(wt, mpg, main="Scatterplot Example", 
    xlab="Car Weight ", ylab="Miles Per Gallon ", pch=19)

# Scatterplot Matrices from the lattice Package -  to compare all 3 packages 
library(lattice)
splom(mtcars[c(1,3,5,6)], groups=cyl, data=mtcars,
    panel=panel.superpose, 
   key=list(title="Three Cylinder Options",
   columns=3,
   points=list(pch=super.sym$pch[1:3],
   col=super.sym$col[1:3]),
   text=list(c("4 Cylinder","6 Cylinder","8 Cylinder"))))