R 如何对马赛克中的分类变量进行颜色编码

我试图显示我的分类变量之间的关系。我终于把我的数据输入了一个列联表

subs_count
##                [,1] [,2] [,3] [,4]
## carbohydrate      2    0   11    2
## cellulose        18    0   60    0
## chitin            0    4    0    4
## hemicellulose    21    3   10    0
## monosaccharide    3    0    0    0
## pectin            8    0    2    2
## starch            1    0    4    0

其中每一列代表一个有机体。所以我把我的阴谋

barplot(subs_count, ylim = c(0, 100), col = predicted.substrate,
  xlab = "organism", ylab = "ESTs per substrate")

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但我的基底颜色并不一致。我做错了什么？

您的数据似乎是一个

矩阵

，行名接近R中的列联

表

，但并不完全相同。某些打印方法对表有额外的支持

更重要的是，我无法运行您的代码，因为不清楚

预测了什么。如果它是一个有7种颜色的调色板，那么它应该做你想做的事情（或者至少我认为你想做的事情）

我通过以下方式复制了您的数据：

subs_count <- structure(c(2, 18, 0, 21, 3, 8, 1, 0, 0,
  4, 3, 0, 0, 0, 11, 60, 0, 10, 0, 2, 4, 2, 0, 4, 0, 0, 2, 0),
  .Dim = c(7L, 4L), .Dimnames = list(c("carbohydrate", "cellulose",
  "chitin", "hemicellulose", "monosaccharide", "pectin", "starch"), NULL))

然后我使用了
colorspace
软件包中的定性调色板：

subs_pal <- colorspace::qualitative_hcl(7)


而马赛克显示（如标题所示）将是：

mosaicplot(t(subs_count), col = subs_pal, off = 5, las = 1, main = "")


为了可视化依赖模式（或者更确切地说，独立模式的偏离），用独立模型的残差进行着色的马赛克图可能更有用

mosaicplot(t(subs_count), shade = TRUE, off = 5, las = 1, main = "")


更精细的着色马赛克显示屏版本可在包装
vcd
（请参阅）中找到

mosaicplot(t(subs_count), col = subs_pal, off = 5, las = 1, main = "")

mosaicplot(t(subs_count), shade = TRUE, off = 5, las = 1, main = "")