R 将等高线内核密度估计图导出为光栅或shapefile格式
我正试图用我掌握的一些GPS数据在R中进行核密度估计。我的目标是创建一个轮廓输出,每条线代表KDE的10%。从这里,我想将输出(作为shapefile或光栅)导入QGIS或arcmap,以便将输出覆盖在现有环境层之上 到目前为止,我已经使用AdehabitatHR使用以下代码创建了以下输出:R 将等高线内核密度估计图导出为光栅或shapefile格式,r,kernel-density,adehabitathr,R,Kernel Density,Adehabitathr,我正试图用我掌握的一些GPS数据在R中进行核密度估计。我的目标是创建一个轮廓输出,每条线代表KDE的10%。从这里,我想将输出(作为shapefile或光栅)导入QGIS或arcmap,以便将输出覆盖在现有环境层之上 到目前为止,我已经使用AdehabitatHR使用以下代码创建了以下输出: kud<-kernelUD(locs1[,1], h="href") vud<-getvolumeUD(kud) vud <- estUDm2spixdf(vud) xyzv <-
kud<-kernelUD(locs1[,1], h="href")
vud<-getvolumeUD(kud)
vud <- estUDm2spixdf(vud)
xyzv <- as.image.SpatialGridDataFrame(vud)
contoured<-contour(xyzv, add=TRUE)
kud对于amt
包,这应该相对简单:
library(adehabitatHR)
library(sf)
library(amt)
data("puechabonsp")
relocs <- puechabonsp$relocs
hr <- as.data.frame(relocs) %>% make_track(X, Y, name = Name) %>%
hr_kde(trast = raster(amt::bbox(., buffer = 2000), res = 50)) %>%
hr_isopleths(level = seq(0.05, 0.95, 0.1))
# Use the sf package to write a shape file, or any other supported format
st_write(hr, "~/tmp/home_ranges.shp")
library(ggplot2)
ggplot(hr) + geom_sf(fill = NA, aes(col = level))