R-ggplot2等高线图

我试图复制Andrew Ng在R中的Coursera上的机器学习课程的代码（因为课程是八度的）

基本上，我必须为多项式正则化逻辑回归绘制一个非线性决策边界（p=0.5）

我可以使用基本库轻松复制绘图：

contour(u, v, z, levels = 0)
points(x = data$Test1, y = data$Test2)

其中：

u <- v <- seq(-1, 1.5, length.out = 100)

但我得到了一个错误：美学必须是长度1或与数据（118）相同：颜色，x，y，形状

谢谢

编辑（添加根据误用代码创建的绘图）：

---

ggplot2最有效地处理长格式的数据。下面是一个伪造数据的示例：

library(tidyverse)  

u <- v <- seq(-1, 1.5, length.out = 100)

# Generate fake data
z = outer(u, v, function(a, b) sin(2*a^3)*cos(5*b^2))
rownames(z) = u
colnames(z) = v

# Convert data to long format and plot
as.data.frame(z) %>% 
  rownames_to_column(var="row") %>% 
  gather(col, value, -row) %>% 
  mutate(row=as.numeric(row), 
         col=as.numeric(col)) %>% 
ggplot(aes(col, row, z=value)) +
  geom_contour(bins=20) +
  theme_classic()

库（tidyverse）
u%
聚集（列，值，-行）%>%
变异（行=作为数字（行），
列=作为数值（列））%>%
ggplot（aes（列，行，z=值））+
几何轮廓（箱柜=20）+
主题(经典)

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您需要的是将坐标转换为长格式。以下是使用火山数据集的示例：

data(volcano)

在R基中：

contour(volcano)

使用ggplot2：

library(tidyverse)
as.data.frame(volcano) %>% #convert the matrix to data frame
  rownames_to_column() %>% #get row coordinates
  gather(key, value, -rowname) %>% #convert to long format
  mutate(key = as.numeric(gsub("V", "", key)), #convert the column names to numbers
         rowname = as.numeric(rowname)) %>%
  ggplot() +
  geom_contour(aes(x = rowname, y = key, z = value))

如果您想直接在base R plot中对其进行标记，可以使用库

directlabels

：

首先将颜色/填充映射到变量：

as.data.frame(volcano) %>%
  rownames_to_column() %>%
  gather(key, value, -rowname) %>%
  mutate(key = as.numeric(gsub("V", "", key)),
         rowname = as.numeric(rowname)) %>%
  ggplot() +
  geom_contour(aes(x = rowname,
                   y = key,
                   z = value,
                   colour = ..level..)) -> some_plot

然后

library(directlabels)

direct.label(some_plot, list("far.from.others.borders", "calc.boxes", "enlarge.box", 
                     box.color = NA, fill = "transparent", "draw.rects"))

要在特定坐标处添加标记，只需添加另一个具有适当数据的图层：

上一个情节

as.data.frame(volcano) %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  gather(key, value, -rowname) %>% 
  mutate(key = as.numeric(gsub("V", "", key)), 
         rowname = as.numeric(rowname)) %>%
  ggplot() +
  geom_contour(aes(x = rowname, y = key, z = value)) -> plot_cont

添加带有点的图层，例如：

plot_cont +
  geom_point(data = data.frame(x = c(35, 47, 61),
                               y = c(22, 37, 15)),
             aes(x = x, y = y), color = "red")

您可以通过以下方式添加任何类型的图层：

geom_line

，

geom_text

EDIT2：要更改轴的比例，有几个选项，一个是为矩阵指定适当的

行名

和

列名

：

我将为x轴分配一个从0到2的序列，为y轴分配一个从0到5的序列：

rownames(volcano) <- seq(from = 0,
                         to = 2,
                         length.out = nrow(volcano)) #or some vector like u
colnames(volcano) <- seq(from = 0,
                         to = 5,
                         length.out = ncol(volcano)) #or soem vector like v

as.data.frame(volcano) %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  gather(key, value, -rowname) %>% 
  mutate(key = as.numeric(key), 
         rowname = as.numeric(rowname)) %>%
  ggplot() +
  geom_contour(aes(x = rowname, y = key, z = value))

rownames（火山）%
聚集（键，值，-rowname）%%>%
变异（键=数字（键），
rowname=as.numeric（rowname））%>%
ggplot（）+
几何轮廓（aes（x=行名，y=键，z=值））

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您好，您的解决方案有效，它绘制了预期的轮廓。只是有一个问题：x轴和y轴的比例不是从-1到1.5（u和v），而是一直到100。@Melvin86为删除的注释和处理

x

和

y

轴比例的注释添加了编辑。感谢您的误用，这非常有效。将情节添加到我的问题中以供参考。再见！嗨，eipi10，谢谢你的回答，我已经用missuse的代码创建了情节。我没有进行测试，但我认为您的代码也可以适用于我的情况，因为代码非常相似。这个新包看起来可以帮助：

rownames(volcano) <- seq(from = 0,
                         to = 2,
                         length.out = nrow(volcano)) #or some vector like u
colnames(volcano) <- seq(from = 0,
                         to = 5,
                         length.out = ncol(volcano)) #or soem vector like v

as.data.frame(volcano) %>% 
  rownames_to_column() %>% 
  gather(key, value, -rowname) %>% 
  mutate(key = as.numeric(key), 
         rowname = as.numeric(rowname)) %>%
  ggplot() +
  geom_contour(aes(x = rowname, y = key, z = value))