R sommer v 4.1.1中的预测函数

R sommer v 4.1.1中的预测函数,r,mixed-models,R,Mixed Models,在sommer软件包的最新版本中,对predict函数进行了一些修改,不幸的是,我在最新版本中遇到了一些问题 如果我没有指定任何分类变量: predict.mmer(modelh) strsplit(分类“:”)中出错:非字符参数 predict.mmer(modelh,classify=“GEN”) [.data.frame中出错(对象$dataOriginal,c(colnames(DTX),忽略,: 选择未定义的列 我的模型如下所示: MMR(数据=数据,固定=值~1, random=~G

在sommer软件包的最新版本中,对predict函数进行了一些修改,不幸的是,我在最新版本中遇到了一些问题

如果我没有指定任何分类变量:

predict.mmer(modelh) strsplit(分类“:”)中出错:非字符参数

predict.mmer(modelh,classify=“GEN”)
[.data.frame
中出错(对象$dataOriginal,c(colnames(DTX),忽略,: 选择未定义的列

我的模型如下所示:

MMR(数据=数据,固定=值~1, random=~GEN+ROWf+COLf+spl2D(行,列),rcov=~vs(单位))

进一步的问题:在上面的模型中,我在模型$fitted vector中得到了所有相同的值,它等于截距。据我所知,拟合值还应该包括随机效应,如GEN、ROWf等等。我是否误解了一些东西

感谢您的建议,
最重要的是,自4.1.1版本以来,Hermann

预测函数不再用于获取拟合值,而是用于获取特定分类参数的调整平均值。因此,不能跳过分类参数

如果您现在需要fitted值,fitted()函数应该返回您要查找的值

现在,使用分类的问题必须来自于在vs()函数之外使用spl2D()函数。您可能希望从GitHub下载最新版本(版本4.1.2),然后尝试使用:

mix <- mmer(data = data, fixed = value ~ 1 , random = ~ GEN + ROWf + COLf + vs(spl2D(ROW,COL)), rcov = ~vs(units))
对于模型中所有世代的调整平均值,使用模型中的特定术语进行平均和分类集,以及

ff=fitted.mmer(modelh)
如果需要观测值的拟合值

干杯,
爱德华多

谢谢爱德华多,它与4.1.2完美配合

还有一个问题。我想知道残差的定义。似乎MMR将残差计算为“残差=响应-固定”,而不是“残差=响应-固定-随机”忽略随机效应,不管是从模型框架调用残差还是使用残差函数。我这边有误解吗

干杯,赫尔曼

ff=fitted.mmer(modelh)