R 高效地查找向量中的相邻值

我有一个R数据框，其中一个数字向量表示染色体上的位置，一个基因名向量。我还有一个向量，它是染色体上有趣元素的起始位置。我想提取每个元素上下三个最接近的基因的名称和位置，我想知道最有效的方法

例如：

genes <- data.frame("geneStart"=sort(sample(500,10)), "geneName"=sample(LETTERS,10))
genes
   geneStart geneName
1         66        X
2        158        U
3        262        N
4        385        D
5        387        H
6        418        Z
7        464        J
8        469        Y
9        475        L
10       491        I

---

使用

findInterval

：

getAdjacent <- function(x) {
   idx       <- findInterval(x, genes$geneStart)
   range.idx <- (idx-2):(idx+3)
   range.idx <- ifelse(range.idx <= 0, NA, range.idx)
   as.character(genes$geneName)[range.idx]
}

getnext我的版本：

getAdjacent <-function(x){
ind <-which(abs(genes[,1]-x)==min(abs(genes[,1]-x))) #which row is closest
out <-genes[max(1,ind-3):min(nrow(genes),ind+2),2]   #indexed for closest match
return(as.character(out))
}

getnextant当你说3最近时，你是指包含元素的基因，然后是上面3个和下面2个，还是相反？你是根据基因长度来决定的吗？+1我本来是按照这些思路来做的，但是我在考虑idx-2/idx+3是否应该根据基因的起始位置来切换。这个答案对我来说似乎更好，因为1）它找到了“最近的基因”（
findInterval（99，c（1,10100））
给出2，而我们想要3，因为99最接近100）。2）它解决了阵列边缘的问题。小结；如果预先计算abs（基因[,1]-x）
而不是两次得到表达式，不是更有效/可读吗？你是对的。预先计算绝对差异可能更有效。我只想将我的解决方案保留为三行。。。
getAdjacent <-function(x){
ind <-which(abs(genes[,1]-x)==min(abs(genes[,1]-x))) #which row is closest
out <-genes[max(1,ind-3):min(nrow(genes),ind+2),2]   #indexed for closest match
return(as.character(out))
}