R通过读取str来理解和访问嵌套对象

嗨，我有一个嵌套对象，我想它包含表。我用str来观察它的样子

> str(test)
Formal class 'CuffData' [package "cummeRbund"] with 5 slots
  ..@ DB     :Formal class 'SQLiteConnection' [package "RSQLite"] with 5 slots
  .. .. ..@ Id                 :<externalptr> 
  .. .. ..@ dbname             : chr "C:/temp/cuffData.db"
  .. .. ..@ loadable.extensions: logi TRUE
  .. .. ..@ flags              : int 6
  .. .. ..@ vfs                : chr ""
  ..@ tables :List of 6
  .. ..$ mainTable     : chr "genes"
  .. ..$ dataTable     : chr "geneData"
  .. ..$ expDiffTable  : chr "geneExpDiffData"
  .. ..$ featureTable  : chr "geneFeatures"
  .. ..$ countTable    : chr "geneCount"
  .. ..$ replicateTable: chr "geneReplicateData"
  ..@ filters: list()
  ..@ type   : chr "genes"
  ..@ idField: chr "gene_id"

• 有没有办法让我看一下这张表上的内容
• 但我不确定我是否正确解释了str输出。我是这方面的新手，我还想知道是否有一个关于如何在R中解释这些对象的好教程？举例就更好了

提前谢谢你。

---

根据

str（）

，

test@tables$mainTable

仅作为文字值“genes”列出。似乎涉及到一个数据库。因为你要处理的是一个合适的S4类，所以对它的结构进行研究可能不是一个好主意。您是如何创建此对象的？你在用什么图书馆？最好查看官方文档，看看您可以使用哪些公共方法。和往常一样，a将非常有用。CummeRbund从cuffdiff运行中获取各种输出文件，并创建一个结果的SQLite数据库，描述基因、转录本、转录起始位点和CDS区域之间的适当关系。一旦存储和索引，这些特征的数据，甚至跨多个样本或条件，都可以非常有效地检索，并允许用户根据分析需要探索单个基因或基因集的子特征。-更多信息请访问：``。

test

是调用

readdCufflinks

的结果吗？CuffData类CuffData类也是指向SQL后端的指针类，但每个实例都特定于一个数据子类型（基因、异构体、TSS、CD）。同样，还有一个包含RSQLite连接对象的DB插槽（可使用DB（）访问）。有几种访问器、设置器和绘图方法，允许对数据类中的所有特征进行全局分析。-请参阅：（为大量文本提取道歉）。您需要使用SQLite连接来检索各个表，或者使用包提供的方法来提取和绘制数据。hi@hrbrmstr和MrFlick：谢谢，现在这很有意义，特别是使用SQLite连接建议。我认为这是答案！再次感谢。

> test@tables$mainTable
[1] "genes"