无法使用include_graphics在Rmarkdown中插入png(错误:文件不是png格式)
这个错误很奇怪。当我剪切文档时,出现以下错误:无法使用include_graphics在Rmarkdown中插入png(错误:文件不是png格式),r,png,knitr,R,Png,Knitr,这个错误很奇怪。当我剪切文档时,出现以下错误: 从第42-43行退出(sigminer文档Rmd) png::readPNG(路径,本机=TRUE,信息=TRUE)中出错: 文件不是PNG格式 但是,我可以通过png::readPNG读取png,在RStudio中运行块时,它也可以工作 使用RStudio中的knitr按钮进行索引。Rmd无法工作 我还重新安装了png,knitr软件包,这个想法行不通 更新: 我尝试调试工作目录,并将以下代码添加到标题中 knitr::opts_knit
从第42-43行退出(sigminer文档Rmd)
png::readPNG(路径,本机=TRUE,信息=TRUE)中出错:
文件不是PNG格式
但是,我可以通过png::readPNG
读取png,在RStudio中运行块时,它也可以工作
使用RStudio中的knitr按钮进行索引。Rmd
无法工作
我还重新安装了png
,knitr
软件包,这个想法行不通
更新: 我尝试调试工作目录,并将以下代码添加到标题中
knitr::opts_knit$set(root.dir=rprojroot::find_rstudio_root_file())
knitr::knit_hooks$set(debug=function(before、options、envir){
如果(!之前){
envir=as.list(envir)
消息(“对象:”,粘贴(名称(envir),折叠=”)
(i)姓名(envir)){
如果(!startsWith(i,“.”){
信息(
i、 “=”,envir[[i]]
)
}
}
}
})
工作目录与预期的一样
对象:workdir root.dir
workdir=/Users/wsx/Documents/GitHub/sigminer doc
root.dir=/Users/wsx/Documents/GitHub/sigminer doc
|..... | 4%
不带R码的普通文本
|...... | 5%
标签:unnamed-chunk-3(带选项)
2人名单
$echo:logi-FALSE
$fig.cap:chr“SBS签名插图,fig来源:https://www.nature.com/articles/nrg3729"
从第64-65行退出(sigminer文件Rmd)
png::readPNG(路径,本机=TRUE,信息=TRUE)中出错:
文件不是PNG格式
knitr也没有在代码块中停止
stopifnot(file.exists(“fig/sbs\u signature\u overview\u nat\u review.png”))
我发现这个问题来自数字
png::readPNG(“fig/sbs\u signature\u overview.png”)
[获取选项(“最大打印”)--省略3个矩阵切片]
警告信息:
在png::readPNG(“fig/sbs\u signature\u overview.png”)中:
libpng警告:iCCP:已知错误的sRGB配置文件
>png::readPNG(“fig/sbs\u signature\u overview\u nat\u review.png”)
png::readPNG(“fig/sbs\u signature\u overview\u nat\u review.png”)中出错:
文件不是PNG格式
然而,我可以正确编织这个文件之前
我的会议:
devtools::session_info()
─ 会话信息───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
设定值
R版4.0.0版(2020-04-24)
os macOS High Sierra 10.13.6
系统x86_64,达尔文17.0
用户界面浏览
语言(英文)
核对zh_CN.UTF-8
ctype zh_CN.UTF-8
亚洲/上海
日期2020-05-11
─ 包装───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
包*版本日期库源
资产负债表0.2.1 2019-03-21[1]起重机(R 4.0.0)
后端口1.1.6 2020-04-05[1]起重机(R 4.0.0)
bibtex 0.4.2.2 2020-01-02[1]起重机(R 4.0.0)
Biobase*2.48.0 2020-04-27[1]生物导体
生物仿制药*0.34.0 2020-04-27[1]生物导体
登记0.18 2020-03-05[1]CRAN(R 4.0.0)
callr 3.4.3 2020-03-28[1]起重机(R 4.0.0)
cli 2.0.2 2020-02-28[1]起重机(R 4.0.0)
集群*2.1.0 2019-06-19[2]起重机(R4.0.0)
代码工具0.2-16 2018-12-24[2]起重机(R 4.0.0)
色彩空间1.4-1 2019-03-18[1]克兰(R 4.0.0)
蜡笔1.3.4 2017-09-16[1]克兰(R4.0.0)
数据表1.12.8 2019-12-09[1]起重机(R 4.0.0)
描述1.2.0 2018-05-01[1]起重机(R 4.0.0)
devtools 2.3.0 2020-04-10[1]起重机(R 4.0.0)
文摘0.6.25 2020-02-23[1]CRAN(R 4.0.0)
双平行1.0.15 2019-08-02[1]起重机(R 4.0.0)
dplyr 0.8.5 2020-03-07[1]起重机(R4.0.0)
省略号0.3.0 2019-09-20[1]CRAN(R 4.0.0)
评估0.14 2019-05-28[1]起重机(R 4.0.0)
fansi 0.4.1 2020-01-08[1]起重机(R 4.0.0)
foreach 1.5.0 2020-03-30[1]起重机(R 4.0.0)
fs 1.4.1 2020-04-04[1]起重机(R4.0.0)
Furr 0.1.0 2018-05-16[1]克兰(R 4.0.0)
未来1.17.0 2020-04-18[1]起重机(R4.0.0)
ggplot2 3.3.0 2020-03-05[1]起重机(R 4.0.0)
globals 0.12.5 2019-12-07[1]起重机(R4.0.0)
胶水1.4.0 2020-04-03[1]起重机(R 4.0.0)
gridBase 0.4-7 2014-02-24[1]起重机(R4.0.0)
GTTable 0.3.0 2019-03-25[1]起重机(R 4.0.0)
htmltools 0.4.0 2019-10-04[1]起重机(R4.0.0)
迭代器1.0.12 2019-07-26[1]CRAN(R4.0.0)
克尼特1.28 2020-02-06[1]克兰(R 4.0.0)
生命周期0.2.0 2020-03-06[1]起重机(R 4.0.0)
列表0.8.0 2019-12-05[1]起重机(R 4.0.0)
magrittr 1.5 2014-11-22[1]CRAN(R 4.0.0)
备忘录1.1.0 2017-04-21[1]克兰(R 4.0.0)
孟塞尔0.5.0 2018-06-12[1]克兰(R 4.0.0)
NMF*0.22.0 20