Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/0/assembly/5.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

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r热图。2 colsep作为向量_R_Heatmap - Fatal编程技术网

r热图。2 colsep作为向量

r热图。2 colsep作为向量,r,heatmap,R,Heatmap,我想使用heatmap.2()绘制一个热图,其中我想用几种不同的颜色定义Colsep。 我已尝试通过连接指定sepcolor: heatmap.2 (as.matrix(order_by27_T[rowsToDraw,]), Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none", col=hmColors, breaks=seq(0,1,(1/120)), trace="none", colsep=c(60,120,180), sepco

我想使用heatmap.2()绘制一个热图,其中我想用几种不同的颜色定义Colsep。
我已尝试通过连接指定sepcolor:

heatmap.2 (as.matrix(order_by27_T[rowsToDraw,]), Rowv=FALSE, Colv=FALSE,               dendrogram="none", col=hmColors, breaks=seq(0,1,(1/120)), trace="none", colsep=c(60,120,180), sepcolor=c("white","pink","green"))      
此外,我尝试创建一个字符向量,按照所需的顺序指定所需的颜色,并将该向量指定给sepcolor:

sepColour<-c("white","pink","green")
heatmap.2 (as.matrix(order_by27_T[rowsToDraw,]), Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none", col=hmColors, breaks=seq(0,1,(1/120)), trace="none", colsep=c(60,120,180), sepcolor=sepColour)      

sepColour参数
colsep
接受一个数字向量,指示列是否应该用颜色空间分隔。从文件中:

(optional) vector of integers indicating which columns or rows should be separated from the preceding columns or rows by a narrow space of color sepcolor
在您的示例中,这类似于:

heatmap.2(as.matrix(order_by27_T[rowsToDraw,]), colsep=1:5,
     sepcolor=c("red", "blue"), ....)
这将用颜色<代码>红色<代码>和<代码>蓝色<代码>


为了防止您只想指定一个自定义调色板(而不是您所要求的),下面是一些代码:

full = matrix(runif(100, -5, 5), ncol= 10)
my_p = colorRampPalette(c("white","pink","green"))
breaks = c(seq(min(full), 0, length.out=128),
           seq(0, max(full), length.out=128))
heatmap.2(full, dendrogram="row", Colv=FALSE,
          col=my_p, key=TRUE, 
          breaks=breaks, symkey=FALSE, density.info="none",
          trace="none", cexRow=0.5, cexCol=0.75)

哪个包是来自哪个包的
heatmap.2()
from?heatmap.2()来自包的gplots(),但
colsep
表示该列。那一定是个号码。谢谢!这正是我想要的。但我仍然不知道如何控制颜色。最终我做到了:colsep=c(25,35,60,85,95120155165180205215),sepcolor=c(“青色”,“白色”)。顺便说一句,我得到了我想要的,那就是每60根柱子上有一根白色的colsep,中间有一根青色的。但为什么呢?一般来说,R中的向量不是这样工作的。我要补充的是,我试图绘制的矩阵由四个数据帧组成,每个数据帧有60列,我与cbind()结合使用。这可能与colsep evrey 60列bieng white有关吗?再次感谢。