R 更有效地将列表组合到数据帧中

我正在运行一个

MCMCglmm（）

模型的多个链，并试图找到最有效的方法来综合我的输出

我正在使用

mclappy（）

运行4条链，然后使用

lappy（）

将4条链中的每一条组合成一个列表

这是我的模型和代码，用于清理和组合链。我正在使用此有用的教程来运行链：

型号：

library(parallel)
chains <- mclapply(1:4, function(i) {
  MCMCglmm(outcome ~ 1 + pretest + race + satisfaction*race, data = data,
                                random = ~ provider,
                                prior = prior.1,
                                verbose = TRUE,
                                family = "gaussian",
                                nitt = 10000, 
                                burnin = 5000, 
                                thin = 10)
}, mc.cores=4)

最终，我希望运行一个

lappy（）

或

mappy（）

，并拥有一个固定的随机列表。我相信我可以使用

映射（data.frame，fixed.random）

来创建我的数据帧。我对apply函数的了解有限，所以我希望了解更多，并将其应用于我的数据集（并非双关语）

不幸的是，模型输出MCMC对象，因此我无法创建确切的结构。这是我能想到的最好办法：

list1 <- list(a = rnorm(100, 0, 1), b = rnorm(100, 0, 1))
list2 <- list(a = rnorm(100, 0, 1), b = rnorm(100, 0, 1))
list3 <- list(a = rnorm(100, 0, 1), b = rnorm(100, 0, 1))
list4 <- list(a = rnorm(100, 0, 1), b = rnorm(100, 0, 1))

list5 <- list(d = rnorm(100, 0, 1), e = rnorm(100, 0, 1))
list6 <- list(d = rnorm(100, 0, 1), e = rnorm(100, 0, 1))
list7 <- list(d = rnorm(100, 0, 1), e = rnorm(100, 0, 1))
list8 <- list(d = rnorm(100, 0, 1), e = rnorm(100, 0, 1))

fixed  <- list(list1, list2, list3, list4)
random <- list(list5, list6, list7, list8)

---

list1以下方法可以吗

假设您的
four\u mcmc
是类
“MCMCglmm”
（
chain1
，
chain2
，等等）的模型列表，
extract
是您希望从链中读取的元素列表（在您的例子中是固定的（
“Sol”
）和随机项（
“VCV”
）

然后，您只需将此函数应用于链列表：

## Applying get.element for each elements to extract on each chain
all_elements <- lapply(four_mcmc, function(mcmc, extract) get.elements(extract, mcmc), extract)

哪个更优雅，但便携性可能更低。
什么是mcm.list？请提供数据示例。mcmc.list是一个表示同一链并行运行的函数。。。我无法创建输出，因为它是MCMC对象。我可以尝试一个非MCMC对象。基本上是寻找类似于
lappy（链，函数（m）c（m$Sol，m$VCV））
的东西，但这是不对的。读取时，似乎处理必须是分开的。你可以让你的代码更干燥以避免重复。谢谢，冻糕。你说的干巴巴是什么意思？
## The list of mcmcs
four_mcmc <- list(chain1, chain2, chain3, chain4)

## Which elements to extract from the MCMCs
extract <- c("VCV", "Sol")

## Extracting some specific elements from a chain
get.elements <- function(extract, mcmc) {
    ## Extracting the element
    mcmc_elements <- sapply(extract, function(extract) mcmc[which(names(mcmc) == extract)])
}

## Extracting the VCV and Sol from one chain
str(get.elements(extract, chain1))

## Applying get.element for each elements to extract on each chain
all_elements <- lapply(four_mcmc, function(mcmc, extract) get.elements(extract, mcmc), extract)

## Fixed terms table
fixed_terms <- as.data.frame(lapply(all_elements, function(X) X[[1]]))
## Random terms table
random_terms <- as.data.frame(lapply(all_elements, function(X) X[[2]]))

as.data.frame(lapply(chains, function(m) cbind(m$Sol, m$VCV)))