用于为不同行子集创建单独输出的R ggplot2循环

与其绘制所有数据行，我只想绘制我真正感兴趣的行的子集（子集是在列表中预先定义的）。也许这可以通过循环完成

示例：我有一个包含两个时间点（例如下面）实验中所有基因的基因表达数据的行数据框

我可以通过过滤行/基因（见下文）手动绘制单个子集，但是我更喜欢一个循环或映射，一个接一个地绘制所有子集（这里是组织类型）

所需的输出为每个子集的1个PDF文件（即心脏、肾脏、肝脏、肠道各1个PDF文件），以及与组织类型相关的基因子集。

它也将是伟大的，有每个PDF标题对应的组织类型

heart_list <- as.vector(interesting_genes %>% filter(tissue == 'heart')%>% select('gene') %>% unlist())

pdf(file=paste('heart_genes.pdf'), width=10, height=7)
for (i in seq_len(n_pages)) {
  print(ggplot(gene_expression %>% filter(gene %in% heart_list ), aes(x=timepoint, y=expression, group=interaction(timepoint,gene ), fill = timepoint)) + # for grouping on multiple columns use "interaction" https://stackoverflow.com/questions/18598953/geom-line-connects-points-mapped-to-different-groups
          geom_boxplot() +
          geom_point(position=position_jitterdodge(),aes(group=interaction(timepoint, gene)))+
          scale_x_discrete(limits=c("1", "2")) +
          facet_wrap_paginate(~ gene, scales = "free", ncol = 2, nrow = 2, page = i)) # use "free" scales if you want y-axis free too.
}

heart\u list%过滤器（组织=='heart'）%%>%select（'gene'）%%>%unlist（））
pdf（文件=paste（'heart_genes.pdf'），宽度=10，高度=7）
适用于（i在序号中（n页））{
打印（ggplot（基因表达式%>%过滤器（基因%在%心脏列表中），aes（x=时间点，y=表达式，组=交互（时间点，基因），填充=时间点））+#对于在多个列上分组，使用“交互”https://stackoverflow.com/questions/18598953/geom-line-connects-points-mapped-to-different-groups
geom_箱线图（）+
几何点（位置=位置抖动（），aes（组=交互（时间点，基因）））+
比例x离散（限值=c（“1”、“2”））+
刻面_-wrap_-paginate（~gene，scales=“free”，ncol=2，nrow=2，page=i））#如果希望y轴也自由，请使用“free”刻度。
}

任何帮助都将不胜感激。如果任何人有比facet_wrap_paginate更好的建议（例如cowplot或类似），也请让我知道。 提前谢谢

n_pages = 3

pdf(file=paste('all_genes.pdf'), width=10, height=7)

for (i in seq_len(n_pages)) {
      print(ggplot(gene_expression, aes(x=timepoint, y=expression, group=interaction(timepoint,gene ), fill = timepoint)) + # for grouping on multiple columns use "interaction" https://stackoverflow.com/questions/18598953/geom-line-connects-points-mapped-to-different-groups
              geom_boxplot() +
              geom_point(position=position_jitterdodge(),aes(group=interaction(timepoint, gene)))+
              scale_x_discrete(limits=c("1", "2")) +
              facet_wrap_paginate(~ gene, scales = "free", ncol = 2, nrow = 2, page = i)) # use "free" scales if you want y-axis free too.
    }
    
dev.off()

heart_list <- as.vector(interesting_genes %>% filter(tissue == 'heart')%>% select('gene') %>% unlist())

pdf(file=paste('heart_genes.pdf'), width=10, height=7)
for (i in seq_len(n_pages)) {
  print(ggplot(gene_expression %>% filter(gene %in% heart_list ), aes(x=timepoint, y=expression, group=interaction(timepoint,gene ), fill = timepoint)) + # for grouping on multiple columns use "interaction" https://stackoverflow.com/questions/18598953/geom-line-connects-points-mapped-to-different-groups
          geom_boxplot() +
          geom_point(position=position_jitterdodge(),aes(group=interaction(timepoint, gene)))+
          scale_x_discrete(limits=c("1", "2")) +
          facet_wrap_paginate(~ gene, scales = "free", ncol = 2, nrow = 2, page = i)) # use "free" scales if you want y-axis free too.
}