R：用于数据帧列表上的循环，以输出因子级别的每个组合之间的匹配矩阵

我有这样一个数据帧：

region     plot    species
 1          1A      A_B  
 1          1B      B_C
 1          1C      A_B
 1          1D      C_D
 2          2A      B_C
 2          2A      E_F
 2          2B      B_C
 2          2B      E_F     
 2          2C      E_F
 2          2D      B_C
 3          3A      A_B
 3          3B      A_B        

此数据帧可用于数千行，因此我想使用一个循环来： 1） 按区域对数据进行子集划分 2） 然后为所有图的两两比较创建矩阵 在每个子集区域内

在这种情况下，矩阵的i和j维是区域内的绘图ID，矩阵填充包括共享物种组合的计数。矩阵中未填充的一半将填充NAs。这些矩阵将被放入一个列表中。对于本例，结果将是：

resultslist<-
[[1]]      1A   1B    1C    1D    

         1A NA   NA   NA   NA   NA

         1B 0   NA    NA   NA   NA

         1C 1   0    NA    NA   NA

         1D 0   0    0    NA    NA

 [[2]]       2A   2B    2C    2D    

         2A NA   NA   NA   NA   NA

         2B 2   NA    NA   NA   NA

         2C 1   1    NA    NA   NA

         2D 1   1    0    NA    NA


[[3]]      3A   3B       

         3A NA   NA   

         3B 1   NA   

---

resultslist我继续编写您的代码，并得出以下结论：

数据：

data=read.table(text="region     plot    species
1          1A      A_B  
1          1B      B_C
1          1C      A_B
1          1D      C_D
2          2A      B_C
2          2A      E_F
2          2B      B_C
2          2B      E_F     
2          2C      E_F
2          2D      B_C
3          3A      A_B
3          3B      A_B",stringsAsFactors=F,h=T)       

sublist=NA
for (i in unique(data$region)){   
  sublist[i]<-list(subset(data, data[,1] == i))  
  print(i)
}

results = list()
for (r in unique(data$region)){
  myset<-split(sublist[[r]][[3]],sublist[[r]][[2]])
  output<- matrix(NA, nrow = length(myset), ncol = length(myset))
  rownames(output)<-colnames(output)<-unique(sublist[[r]][[2]])
  for (j in 1:(length(myset)-1)){
    for (i in (j+1):length(myset)){
       output[i,j]=sum(myset[[j]] %in% myset[[i]])
    }
  }
results[[r]]=output
}

[[1]]
   1A 1B 1C 1D
1A NA NA NA NA
1B  0 NA NA NA
1C  1  0 NA NA
1D  0  0  0 NA

[[2]]
   2A 2B 2C 2D
2A NA NA NA NA
2B  2 NA NA NA
2C  1  1 NA NA
2D  1  1  0 NA

[[3]]
   3A 3B
3A NA NA
3B  1 NA

代码：

data=read.table(text="region     plot    species
1          1A      A_B  
1          1B      B_C
1          1C      A_B
1          1D      C_D
2          2A      B_C
2          2A      E_F
2          2B      B_C
2          2B      E_F     
2          2C      E_F
2          2D      B_C
3          3A      A_B
3          3B      A_B",stringsAsFactors=F,h=T)       

sublist=NA
for (i in unique(data$region)){   
  sublist[i]<-list(subset(data, data[,1] == i))  
  print(i)
}

results = list()
for (r in unique(data$region)){
  myset<-split(sublist[[r]][[3]],sublist[[r]][[2]])
  output<- matrix(NA, nrow = length(myset), ncol = length(myset))
  rownames(output)<-colnames(output)<-unique(sublist[[r]][[2]])
  for (j in 1:(length(myset)-1)){
    for (i in (j+1):length(myset)){
       output[i,j]=sum(myset[[j]] %in% myset[[i]])
    }
  }
results[[r]]=output
}

[[1]]
   1A 1B 1C 1D
1A NA NA NA NA
1B  0 NA NA NA
1C  1  0 NA NA
1D  0  0  0 NA

[[2]]
   2A 2B 2C 2D
2A NA NA NA NA
2B  2 NA NA NA
2C  1  1 NA NA
2D  1  1  0 NA

[[3]]
   3A 3B
3A NA NA
3B  1 NA

非常感谢您抽出时间。当我使用我提供给您的示例数据时，这段代码非常有效。然而，当在实际数据上使用它时，我得到了以下错误：
rownamesHm中的错误，如果不看到数据就很难判断。您可以尝试将定义行名的行更改为：
rownames（输出）并感谢您的更正，我已经编辑了行号，感谢您在这里帮助我。
rownames（输出）我想我可能已经缩小了可能的错误源…我使用的数据帧有一些实例，其中特定区域只有一个与之关联的绘图（例如，区域5只有绘图5A）。因此，成对矩阵仅包括图5A与图5A的成对比较。这可能是错误的根源吗？在这种情况下，是否需要在循环中包含if-else语句？