R中数据集之间的欧几里德距离，使用“rdist from”；“字段”；包裹

我使用

rdist

计算矩阵与自身之间的欧几里德距离：

> m = matrix(c(1,1,1,2,2,2,3,4,3),nrow=3, ncol=3)
> m
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    2    3
[2,]    1    2    4
[3,]    1    2    3
library(fields)
> rdist(m)
      [,1]  [,2]  [,3]
[1,] 1e-10 1e+00 1e-10
[2,] 1e+00 1e-10 1e+00
[3,] 1e-10 1e+00 1e-10

让我困惑的是，我认为对角线上应该有0（当然向量到自身的距离是0？），出于同样的原因，在比较第一行和第三行时应该有0。相反，我看到的值（1e-10）看起来非常大，是数值噪声。怎么了

---

编辑：

rdist

来自包

字段
首先
1e-10
只是
1*10^-10
，即
0.0000000001
，因此在数字上非常接近
0
（因为它是平方根的结果，所以计算中的实际误差是一行大小
1e-20
）。是不是太大了？嗯，这个库是用fortran编写的，它注重速度，所以它是可以接受的。如果您分析准确的代码，您将了解它是如何计算的：

# fields, Tools for spatial data
# Copyright 2004-2011, Institute for Mathematics Applied Geosciences
# University Corporation for Atmospheric Research
# Licensed under the GPL -- www.gpl.org/licenses/gpl.html
"rdist" <- function(x1, x2) {
    if (!is.matrix(x1)) 
        x1 <- as.matrix(x1)
    if (missing(x2)) 
        x2 <- x1
    if (!is.matrix(x2)) 
        x2 <- as.matrix(x2)
    d <- ncol(x1)
    n1 <- nrow(x1)
    n2 <- nrow(x2)
    par <- c(1/2, 0)
    temp <- .Fortran("radbas", nd = as.integer(d), x1 = as.double(x1), 
        n1 = as.integer(n1), x2 = as.double(x2), n2 = as.integer(n2), 
        par = as.double(par), k = as.double(rep(0, n1 * n2)))$k
    return(matrix(temp, ncol = n2, nrow = n1))
}

它将小的（甚至是0）值视为
1e-20
，取平方根后得到
1e-10
。似乎动机是通过使用值的对数来加速过程（因此，平方根简单地除以2），这当然不是为
0
定义的，首先
1e-10
只是
1*10^-10
，这是
0.0000000001
，因此在数字上非常接近
0
（因为它是平方根的结果，所以计算中的实际误差是一行量级的
1e-20
）。它是否“太大”？好吧，这个库是用fortran编写的，并且关注速度，所以它是可以接受的。如果你分析精确的代码，你会发现它是如何计算的：

# fields, Tools for spatial data
# Copyright 2004-2011, Institute for Mathematics Applied Geosciences
# University Corporation for Atmospheric Research
# Licensed under the GPL -- www.gpl.org/licenses/gpl.html
"rdist" <- function(x1, x2) {
    if (!is.matrix(x1)) 
        x1 <- as.matrix(x1)
    if (missing(x2)) 
        x2 <- x1
    if (!is.matrix(x2)) 
        x2 <- as.matrix(x2)
    d <- ncol(x1)
    n1 <- nrow(x1)
    n2 <- nrow(x2)
    par <- c(1/2, 0)
    temp <- .Fortran("radbas", nd = as.integer(d), x1 = as.double(x1), 
        n1 = as.integer(n1), x2 = as.double(x2), n2 = as.integer(n2), 
        par = as.double(par), k = as.double(rep(0, n1 * n2)))$k
    return(matrix(temp, ncol = n2, nrow = n1))
}

它将小的（甚至是0）值视为
1e-20
，取平方根后得到
1e-10
。其动机似乎是通过使用值的对数来加快过程（因此，平方根简单地除以2），当然不是为
0
rdist
定义的。就我所知，它不是一个基本的R函数。请告诉我们您正在使用哪个软件包。@VictorK.-请参阅编辑。
rdist
就我所知不是一个基本的R函数。请告诉我们您正在使用哪个软件包。@VictorK.-请参阅编辑。无需如此合作我忘记了平方根，现在误差的大小更有意义了。屈尊？我只是解决了所有潜在的问题，因为它（对我来说）不清楚，哪个部分导致了问题。在澄清后删除了多余的信息。添加了基于fortran Source的更精确的答案我在这个答案中没有看到任何屈尊俯就，也没有必要如此屈尊俯就。忘记了平方根，现在错误的大小更有意义了。屈尊俯就？我只是解决了所有可能的问题tial问题，因为（对我来说）不清楚是哪一部分导致了问题。在澄清后删除了多余的信息。添加了基于fortran Source的更精确的答案。我也看不到这个答案中有任何居高临下的地方