R：站点不同颜色的PCA图

我最近试图分析我的数据，想把图表做得更好一点，但我失败了

所以我有一个包含144个地点和5个环境变量的数据集。这基本上是关于一个岛屿周围的基质组成和鱼类丰度。在这个岛上，北部和南部的基底成分应该有所不同。现在我正在做一个主成分分析，使用biplot函数它工作得很好，但是我想稍微改变一下绘图

我需要一个网站只是点，而不是编号，箭头指向不同的变量和网站的颜色根据其位置（北侧或南侧）。所以我试了我能找到的一切

大多数例子都使用了沙丘数据，并提出如下建议：

library(vegan)
library(biplot)
data(dune)
mod <- rda(dune, scale = TRUE)
biplot(mod, scaling = 3, type = c("text", "points"))

require("vegan")
data(dune, dune.env)
mod <- rda(dune, scale = TRUE)
scl <- 3 ## scaling == 3
colvec <- c("red2", "green4", "mediumblue")
plot(mod, type = "n", scaling = scl)
with(dune.env, points(mod, display = "sites", col = colvec[Use],
                      scaling = scl, pch = 21, bg = colvec[Use]))
text(mod,display="species", scaling = scl, cex = 0.8, col = "darkcyan")
with(dune.env, legend("bottomright", legend = levels(Use), bty = "n",
                      col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))

不知道该怎么解决这个问题

我发现的下一个策略是手动绘制如下图：

library(vegan)
library(biplot)
data(dune)
mod <- rda(dune, scale = TRUE)
biplot(mod, scaling = 3, type = c("text", "points"))

require("vegan")
data(dune, dune.env)
mod <- rda(dune, scale = TRUE)
scl <- 3 ## scaling == 3
colvec <- c("red2", "green4", "mediumblue")
plot(mod, type = "n", scaling = scl)
with(dune.env, points(mod, display = "sites", col = colvec[Use],
                      scaling = scl, pch = 21, bg = colvec[Use]))
text(mod,display="species", scaling = scl, cex = 0.8, col = "darkcyan")
with(dune.env, legend("bottomright", legend = levels(Use), bty = "n",
                      col = colvec, pch = 21, pt.bg = colvec))

所以我现在有点绝望了。我看了这里的所有答案，不明白为什么

display=“bp”

和

type=c（“text”，“points”）

对我不起作用

如果有人有主意，我会非常感激。 这是指向我的dropbox文件夹的链接。它包含我的R脚本和csv文件。名为environmentalvariables_Kon1的文件还包含有关南北侧的数据

是的，如果有人能帮我。那太棒了。我真的不知道该怎么办了

致以最良好的祝愿，

---

Nancy

您可以使用

箭头（）添加箭头。查看纯素食者的代码：：biplot.rda

了解它在原始函数中的工作方式

在您的绘图中，添加

g <- scores(mod, display = "species")
len <- 1
arrows(0, 0, len * g[, 1],  len * g[, 2], length = 0.05, col = "darkcyan")

---

g您可以使用
arrows（）
添加箭头。查看纯素食者的代码：：biplot.rda

了解它在原始函数中的工作方式

在您的绘图中，添加

g <- scores(mod, display = "species")
len <- 1
arrows(0, 0, len * g[, 1],  len * g[, 2], length = 0.05, col = "darkcyan")

g