R 重新计算距离矩阵

我有一个大的输入矩阵（4000x10000）。我使用

dist（）

计算它的欧几里德距离矩阵（大约需要5个小时）。

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我需要为“相同”矩阵计算距离矩阵，并增加一行（对于4001x10000矩阵）。在不重新计算整个矩阵的情况下，确定距离矩阵的最快方法是什么？

我假设您的额外行意味着额外的点。如果它意味着一个额外的变量/维度，则需要不同的答案

首先，对于矩阵的欧氏距离，我建议使用

字段

包中的

rdist

函数。它是用Fortran编写的，比

dist

函数快得多。它返回一个

矩阵

而不是

dist

对象，但您始终可以使用

as.matrix

和

as.dist

从一个对象转到另一个对象

这是（比你的小）样本数据

num.points <- 400
num.vars   <- 1000
original.points <- matrix(runif(num.points * num.vars),
                          nrow = num.points, ncol = num.vars)

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num.points您知道怎么做但不在R中吗？或者您不知道怎么做？额外的一行是额外的点还是额外的变量/维度？我尝试使用：mydistA距离矩阵是平方矩阵。只在末尾添加一行，还应在末尾添加一列，右下角的值应为零（额外点与自身之间的距离）。但请阅读我的解决方案。。。
d0 <- rdist(original.points)

extra.points <- matrix(runif(2 * num.vars), nrow = 2)
inner.dist   <- rdist(extra.points)
outer.dist   <- rdist(extra.points, original.points)

d1 <- rbind(cbind(d0, t(outer.dist)),
            cbind(outer.dist, inner.dist))

d2 <- rdist(rbind(original.points, extra.points))

identical(d1, d2)
# [1] TRUE