R 更改multiphylo对象的尖端标签

答案和问题与此帖子相关：。我有旧的提示标签，因为分类发生了变化，我想用新的提示标签替换。对于R中的multiPhylo对象，我将如何执行此操作？我有一个随机分布的树，从后面我想用新的分类名称更新。

multiPhylo

对象只是

phylo

对象的列表，因此修改它们的最佳方法是使用

Lappy

首先，您应该定义允许重命名提示的函数

## Function for renaming tips
rename.tips.phylo <- function(tree, names) {
    tree$tip.label <- names
    return(tree)
}

现在，您的所有提示标签都已重命名：

## First tree
random_trees_renamed[[1]]$tip.label
#[1] "A" "B" "C" "D" "E"
## 42nd tree
random_trees_renamed[[42]]$tip.label
#[1] "A" "B" "C" "D" "E"

---

multiPhylo

对象只是

phylo

对象的列表，因此修改它们的最佳方法是使用

lappy

首先，您应该定义允许重命名提示的函数

## Function for renaming tips
rename.tips.phylo <- function(tree, names) {
    tree$tip.label <- names
    return(tree)
}

现在，您的所有提示标签都已重命名：

## First tree
random_trees_renamed[[1]]$tip.label
#[1] "A" "B" "C" "D" "E"
## 42nd tree
random_trees_renamed[[42]]$tip.label
#[1] "A" "B" "C" "D" "E"

---

除此之外，它还需要一个向量来区分哪些是旧名称，哪些是新名称。我将用tree$tip.label替换函数中的一行。除此之外，它还需要一个向量来区分哪些是旧名称，哪些是新名称。我将用tree$tip.label替换函数中的一行