用R语言绘制大型网络

我有一个名为“WOS_graph”的图形数据集，它是一个相当大的数据集，有5291个，我绘制了数据，但在绘图中它似乎没有5291个顶点，它显示的较少，有人能帮我正确绘制吗

数据集也可在此处找到：

库（“igraphdata”）
图书馆（“igraph”）
图书馆（“网络”）
图书馆（“statnet”）
nodeWOS观察力好！与5291顶点类似的任何顶点都不可见，但具有
只要做一点工作，你就能追踪到底发生了什么

首先，我想稍微调整一下你的布局。您已使用创建布局

l=layout.lgl(WOS_graph)

我不想等那么久，所以我用了

set.seed(1234)
l = layout_with_lgl(WOS_graph, maxiter=20)

但是直接使用它会使情节难以分析，因为
绘图
重新缩放数据。引用帮助页面
？igraph.plotting

重新缩放

逻辑常数，是否将坐标重新缩放到
[-1,1]x[-1,1]间隔。

默认为TRUE时，将重新缩放布局

我希望布局中的值与打印的位置完全一致，以便重新缩放
我自己把布局调整到这个范围

l[,1] = 2* (l[,1] - min(l[,1])) / (max(l[,1]) - min(l[,1])) - 1
l[,2] = 2* (l[,2] - min(l[,2])) / (max(l[,2]) - min(l[,2])) - 1

现在，布局中的值将与图形上的打印位置相匹配。
但这些绘图位置看起来像什么

summary(l)
       V1                   V2            
 Min.   :-1.0000000   Min.   :-1.0000000  
 1st Qu.:-0.0006389   1st Qu.:-0.0009035  
 Median :-0.0000206   Median : 0.0000625  
 Mean   :-0.0066251   Mean   : 0.0028521  
 3rd Qu.: 0.0009063   3rd Qu.: 0.0002478  
 Max.   : 1.0000000   Max.   : 1.0000000 

请注意，虽然使用了全范围[-1,1]，但大多数值都非常接近于零。我尝试了一下，为这次讨论找到了一个好的范围。你可以尝试其他范围，但在原点附近的一个小盒子里，我们可以看到

length(which(abs(l[,1]) < 0.005 & abs(l[,2]) < 0.005))
[1] 4852


如果你仔细看，你可以在图的中心看到一个红色的小盒子。该框包含4852个顶点。当然，当你像在这个图中那样以全尺寸绘制它们时，它们看起来都是以完全相同的速度，所以看起来像一个顶点

为了更好地了解这一点，让我们使用相同的布局，但放大到选定的范围[-0.005，0.005]，即红色的小框

plot(WOS_graph, edge.color="gray60", pad=0.4,
    vertex.label=NA, layout=l, vertex.size=0.02,
    xlim=c(-0.005, 0.005), ylim=c(-0.005, 0.005))
title(main="Large Graph Layout - Zoomed", cex.main=1)
rect(-0.005, -0.005, 0.005, 0.005, border="red")


现在，您以前看到的顶点大多在屏幕外。确实可以看到一些边穿过此区域，连接屏幕外的顶点。但主要是，现在你可以看到，有很多顶点被塞进了这个小区域

plot(WOS_graph, edge.color="gray60", pad=0.4,
    vertex.label=NA, layout=l, vertex.size=4)
title(main="Large Graph Layout", cex.main=1)
rect(-0.005, -0.005, 0.005, 0.005, border="red", col="red")

plot(WOS_graph, edge.color="gray60", pad=0.4,
    vertex.label=NA, layout=l, vertex.size=0.02,
    xlim=c(-0.005, 0.005), ylim=c(-0.005, 0.005))
title(main="Large Graph Layout - Zoomed", cex.main=1)
rect(-0.005, -0.005, 0.005, 0.005, border="red")