R 如何给聚类树状图中的分支着色？

如果你们中的任何人告诉我如何给风扇组上的主要分支着色，我将不胜感激

请使用以下示例：

library(ape)
library(cluster) 
data(mtcars)
plot(as.phylo(hclust(dist(mtcars))),type="fan")

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您需要更具体地说明“为主要分支着色”的含义，但这可能会给您一些想法：

 phyl <-as.phylo(hclust(dist(mtcars))) 
 plot(phyl,type="fan", edge.col=c("black", "green")[1+(phyl$edge.length >40) ])

<代码>物理40）]） 奇数编号的边是扇形图中的放射状臂，因此这种稍微难看（或者可能非常聪明？）的hack只为长度大于40的臂着色：

phyl <-as.phylo(hclust(dist(mtcars)))
plot(phyl,type="fan", edge.col=c("black", "black", "green")[
                                        c(TRUE, FALSE) + 1 + (phyl$edge.length >40) ])

<代码>物理40）]）

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如果您想给主要分支着色以指示该样本属于哪个类，那么您可能会发现R包sparcl中的函数colorderndrogram很有用（可从下载）。下面是一些示例代码：

library(sparcl)

# Create a fake two sample dataset
set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(100*20),ncol=20)
y <- c(rep(1,50),rep(2,50))
x[y==1,] <- x[y==1,]+2

# Perform hierarchical clustering
hc <- hclust(dist(x),method="complete")

# Plot
ColorDendrogram(hc,y=y,main="My Simulated Data",branchlength=3)

库（sparcl）
#创建一个伪双样本数据集
种子（1）
非常好。可能值得使用
edgelabels（）
查看边编号与边的对应关系。。。