倾斜杆的R图

我一直在试图为一份出版物策划，但不知怎么的，有些横杆断裂或向右倾斜。我一直在寻找问题出在哪里，但运气还不错。问题出在哪里：数据、我正在使用的库或我的操作系统中的某些东西？以下是有关我的系统和R版本、我正在运行的代码和数据的一些详细信息：

我的系统和R：

platform       x86_64-apple-darwin15.6.0   
arch           x86_64                      
os             darwin15.6.0                
system         x86_64, darwin15.6.0        
status                                     
major          3                           
minor          5.3                         
year           2019                        
month          03                          
day            11                          
svn rev        76217                       
language       R                           
version.string R version 3.5.3 (2019-03-11)
nickname       Great Truth           

守则：

library(Sushi)

pop1<-read.table ("pop1.stack.csv", header=TRUE, ",")
pop2<-read.table ("pop2.stack.csv", header=TRUE, ",")
fst1x2<-read.table ("fst.stack.csv", header=TRUE, ",")

head(pop1)
head(pop2)
head(fst1x2)


par(mfrow=c(3,1),mar=c(2,5,2,2))

chrom="Scaffold_2074"
chromstart=10000
chromend=7730000


plotBedgraph(pop1,chrom,chromstart,chromend,
             color=SushiColors(3)(6)[2])
axis(side=2,las=2,tcl=.2)
mtext("Pop1" ~(pi),side=2,line=2.5,cex=1.5,font=2)

plotBedgraph(pop2, chrom, chromstart, chromend,
             flip=TRUE, color=SushiColors(3)(6)[6], ymax=1.4)
labelgenome(chrom,chromstart,chromend,side=3,n=4,scale="Mb",line=0.02)

axis(side=2,las=2,tcl=.2,at=pretty(par("yaxp")[c(1,2)]),
     labels=-1*pretty(par("yaxp")[c(1,2)]))
mtext("Pop2" ~(pi),side=2,line=2.5,cex=1.5,font=2)


plotBedgraph(fst1x2,chrom,chromstart,chromend,
             color=SushiColors(3)(6)[4])
axis(side=2,las=2,tcl=.2)
mtext(expression(italic(F)[st]),side=2,line=2.5,cex=1.5,font=2)
labelgenome(chrom,chromstart=chromstart,chromend=chromend,n=4,chromline=2,
            scale="Mb")


dev.print(png, file = "stack.fig.png", width = 300, height = 200, units='mm', res = 300)

如有任何建议，将不胜感激。

---

谢谢大家!

我下载了您的数据集并安装了

Sushi

软件包，我收到的问题与您的“倾斜”酒吧相同

将您的数据集和作为

Sushi

包示例提供的bedgraph数据集进行比较后，我发现您的行中存在重叠。 为了了解结构，我在这里为您提供了一个示例：

>头部（Sushi_DNaseI.bedgraph）
色度起始值
1 chr11 1640504 1640664 1
2 chr11 1640904 1641004 1
3 chr11 1641004 1641064 2
4 chr11 1641064 1641164 1
5 chr11 1645224 1645384 1
6 CHR11645504 1645664 1

正如您所看到的，每行的末尾没有与以下行的开头重叠。如果正在缩放打印床图，可以看到此重叠正在打印中产生问题：

因此，我认为解决这个问题的一种方法是修改数据集的

end

。我不知道这对你的研究和你试图描绘的结果是否有意义。因此，您可以使用

dplyr

将每行的

end

替换为下一行的

start

库（tidyverse）
p1bis%变异（end=lead（start，1））%>%过滤器（！is.na（end））
>总目（p1bis）
起始端pi
1脚手架_2074 10000 20000 0.02540892
2脚手架_2074 20000 300000.03581412
3脚手架_2074 30000 40000 0.03999322
4脚手架\u 2074 40000 50000 0.0540227
5脚手架\u 2074 50000 60000 0.05350814
6脚手架_2074 60000 70000 0.04260332

如果您正在绘制此新数据集

p1bis

chrom=“脚手架”2074
起始值=10000
色度=300000
绘图仪（p1bis、色度、色度起点、色度终点、，
颜色=颜色（3）（6）[2]）
轴（侧=2，las=2，tcl=0.2）
轴（侧面=1，侧面=2，侧面=0.2）
多行文字（“Pop1”~（pi），边=2，线=2.5，cex=1.5，字体=2）

那么，现在，如果您将其应用于三个数据集：

pop1%变异（end=lead（start，1））%%>%filter（！is.na（end））
pop2%变异（end=lead（start，1））%>%过滤器（！is.na（end））
fst%mutate（end=lead（start，1））%%>%filter（！is.na（end））

您正在使用提供的相同代码绘制它们：

我希望这能帮助你理解你的阴谋。

---

如果您需要一些精度，请告诉我。

我下载了您的数据集并安装了

Sushi

软件包，我收到的问题与您的“倾斜”条相同

将您的数据集和作为

Sushi

包示例提供的bedgraph数据集进行比较后，我发现您的行中存在重叠。 为了了解结构，我在这里为您提供了一个示例：

>头部（Sushi_DNaseI.bedgraph）
色度起始值
1 chr11 1640504 1640664 1
2 chr11 1640904 1641004 1
3 chr11 1641004 1641064 2
4 chr11 1641064 1641164 1
5 chr11 1645224 1645384 1
6 CHR11645504 1645664 1

正如您所看到的，每行的末尾没有与以下行的开头重叠。如果正在缩放打印床图，可以看到此重叠正在打印中产生问题：

因此，我认为解决这个问题的一种方法是修改数据集的

end

。我不知道这对你的研究和你试图描绘的结果是否有意义。因此，您可以使用

dplyr

将每行的

end

替换为下一行的

start

库（tidyverse）
p1bis%变异（end=lead（start，1））%>%过滤器（！is.na（end））
>总目（p1bis）
起始端pi
1脚手架_2074 10000 20000 0.02540892
2脚手架_2074 20000 300000.03581412
3脚手架_2074 30000 40000 0.03999322
4脚手架\u 2074 40000 50000 0.0540227
5脚手架\u 2074 50000 60000 0.05350814
6脚手架_2074 60000 70000 0.04260332

如果您正在绘制此新数据集

p1bis

chrom=“脚手架”2074
起始值=10000
色度=300000
绘图仪（p1bis、色度、色度起点、色度终点、，
颜色=颜色（3）（6）[2]）
轴（侧=2，las=2，tcl=0.2）
轴（侧面=1，侧面=2，侧面=0.2）
多行文字（“Pop1”~（pi），边=2，线=2.5，cex=1.5，字体=2）

那么，现在，如果您将其应用于三个数据集：

pop1%变异（end=lead（start，1））%%>%filter（！is.na（end））
pop2%变异（end=lead（start，1））%>%过滤器（！is.na（end））
fst%mutate（end=lead（start，1））%%>%filter（！is.na（end））

您正在使用提供的相同代码绘制它们：

我希望这能帮助你理解你的阴谋。

---

如果您需要一些精度，请告诉我。

请联系软件包维护人员

Sushi

。所有这些都涉及到

plotBedraph（）

，它可能是该软件包中的一个函数，

maintainer（Sushi）

。请联系该软件包的维护人员

Sushi

。这些都涉及到

plotBedraph（）

，这可能是该软件包中的一个函数，

maintenanter（Sushi）

。非常感谢。这是有道理的。这个软件包的开发是为了绘制整个基因组的阅读覆盖率，而不是像我现在这样绘制核苷酸多样性或遗传分化。我还尝试使用awk:cat pop1.stack.csv | awk'NR%6==0'>pop1.nonoverlapping.csv只保留非重叠窗口过滤它们，它也可以工作。不过我喜欢你的方式，因为它有更高的峰值分辨率。很高兴它能帮助你解决这个问题。关于awk，我帮不了什么忙。我对此不太了解。但我希望你能想出办法完成你的计划。是的。我去

> head(pop1)
            chr start    end         pi
1 Scaffold_2074 10000  60000 0.02540892
2 Scaffold_2074 20000  70000 0.03581412
3 Scaffold_2074 30000  80000 0.03999322
4 Scaffold_2074 40000  90000 0.05402227
5 Scaffold_2074 50000 100000 0.05350814
6 Scaffold_2074 60000 110000 0.04260332


 > head(pop2)
            Chr start    end         pi
1 Scaffold_2074 10000  60000 0.01910726
2 Scaffold_2074 20000  70000 0.02757993
3 Scaffold_2074 30000  80000 0.03359872
4 Scaffold_2074 40000  90000 0.04590020
5 Scaffold_2074 50000 100000 0.04594944
6 Scaffold_2074 60000 110000 0.04054279


> head(fst1x2)
            chr start    end    Fst01
1 Scaffold_2074 10000  60000 0.101773
2 Scaffold_2074 20000  70000 0.096691
3 Scaffold_2074 30000  80000 0.099691
4 Scaffold_2074 40000  90000 0.085867
5 Scaffold_2074 50000 100000 0.079663
6 Scaffold_2074 60000 110000 0.065473