R 为什么which和Sys.which返回不同的路径？

我尝试使用以下命令从R运行Python脚本：

system('python script.py arg1 arg2')

并得到一个错误：

ImportError:没有名为pandas的模块

这有点令人惊讶，因为脚本在终端上按预期工作。以前遇到过此类问题（使用

knitr

，从那里选择chunk选项），我知道要检查：

Sys.which('python')
#            python 
# "/usr/bin/python"

并将其与命令行进行比较：

$ which python
# /Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python

（即，出现错误是因为我为anaconda发行版安装了

pandas

，但我不知道为什么我有不同的发行版）

因此，我可以通过运行以下命令来解决问题：

system('/Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python script.py arg1 arg2')

我的问题有两个方面：

• R的

  系统

  /

  Sys.哪个

  找到了与我的终端不同的

  python

• 除了每次写出完整的二进制路径外，我还可以如何解决这个问题

我阅读了Sys.which以获得一些提示，但没有效果。特别是，

？Sys.which

建议

Sys.which

正在使用

which

：

这是系统命令

的接口，该命令

这显然是不真实的；可以肯定的是，我检查了
Sys.which（'which'）
和
which
，以确认两者都指向
/usr/bin/which
（这则花絮刺激）：

在Unix上，安装R时可以找到的完整路径（通常是
/usr/bin/which
）

对于后者，我一时兴起尝试了
Sys.setenv（python='/Users/michael.chirico/anaconda2/bin/python'）
，但没有成功
 正如一些注释所提示的，这是一个问题，因为由Finder（或Dock）启动的程序的
PATH
环境变量与终端中的不同。有一些方法可以为Dock启动的应用程序设置
路径
，但它们并不漂亮。如果您想走这条路线，可以从这里开始寻找：


您可以做的另一件事（可能更简单）是告诉R在启动时设置
PATH
变量，使用
Sys.setenv
将路径添加到所需的Python实例中。通过将命令放置在相应位置的
.Rprofile
文件中，您可以对一个项目、整个用户帐户或整个系统执行此操作。有关如何执行此操作的更多信息，请参见此处：

期待答案，上周我有一个bash脚本，它从终端运行，但不是从R中的系统命令运行，但没有花时间调试或作为问题编写。（这是一次性的，所以我只是懒洋洋地从终端运行它。）假设所有的whiche都遵循
$PATH
，那么
$PATH
一定是不同的-R中的
系统（“echo$PATH”）
和shell中的
echo$PATH
是什么？这与python找到的一致吗？
system（“which python”）
是否与
Sys.which（“python”）
相同？@Spacedman是一个很好的建议，而且您已经了解了一些事情，事实上，我的
anaconda2/bin
目录位于我的终端的
$PATH
上，但不在R中
system
已知的路径上。鉴于此，我想
系统（'which python'）也就不足为奇了
与
Sys.which（'python'）
（从
system
找到的
python
没有附加
pandas
这一事实可以基本清楚地看出这一点），所以问题是：是否有一种非黑客方式来同步设置
路径
？很明显，我可以将在终端中找到的内容复制粘贴到
Sys.setenv（PATH=…）
那么如何启动RStudio呢？从菜单上？在这种情况下，它从启动桌面的进程获取路径。是否从终端命令行启动RStudio？这应该可以得到终端的路径……我希望有一种方法可以从finder启动的R实例中启动标准终端。如果有一种简单的设计方法，我很乐意添加一个
Sys.setenv（PATH=foo（））
，上面说的
foo
链接问题中的主要答案对我不起作用，但这个答案确实起了作用：