Regex 是否可以使用正则表达式在字符串中搜索碱基对？
我试图使用正则表达式在字符串中的位置查找RNA碱基对（即AU、CG、GC、UA、GU、UG）。我选择了一个Perl程序，它将提取特定位置的字符，并使用我提供的正则表达式查找匹配项。例如，给定字符串Regex 是否可以使用正则表达式在字符串中搜索碱基对？,regex,perl,bioinformatics,Regex,Perl,Bioinformatics,我试图使用正则表达式在字符串中的位置查找RNA碱基对（即AU、CG、GC、UA、GU、UG）。我选择了一个Perl程序，它将提取特定位置的字符，并使用我提供的正则表达式查找匹配项。例如，给定字符串augcgu，我可以提取第一个和最后一个字符AU，然后检查它们是否匹配我提供的正则表达式。 旁注：我只能提供一个正则表达式，没有其他代码 提取2个字符后测试单个碱基对非常简单：（AU）|（CG）|（U[AG]）|（G[CU]）UA=match，UC=no match，等等。但是，我想知道是否有一种合理的
augcguAU（AU）|（CG）|（U[AG]）|（G[CU]）UA=matchUC=no matchACGU=matchacu=matchACUC=no-match如有任何建议，将不胜感激。我觉得可能需要一个反向引用和条件的组合，但我真的很想弄清楚如何在这里应用它们。或者这可能吗？您可以尝试在给定一组模式和位置的情况下生成regexp。例如：
use strict;
use warnings;
use Regexp::Assemble;
my @patterns = qw( AU CG UA UG GC GU );
my @match_pos = qw( 14 23 );
my $pat_size = 4;
my $regex = build_regex( \@patterns, \@match_pos, $pat_size );
sub build_regex {
my ( $patterns, $match_pos, $size ) = @_;
my $ra = Regexp::Assemble->new();
for my $pos_str ( @$match_pos ) {
my @pos = map { $_ - 1 } split //, $pos_str;
for my $pat_short ( @$patterns ) {
my @pat = ('.') x $pat_size;
my @chars = split //, $pat_short;
@pat[@pos] = @chars;
my $pat = join '', @pat;
$ra->add($pat);
}
}
my $regex = $ra->re;
return $regex;
}
此regexp将匹配位置1和4或位置2或3的所有模式。似乎您只想得到两列，看看它们是否匹配您的
正则表达式对 没有必要尝试在一个正则表达式中完成这一切 这是最快的方法。使用substr（）创建目标，然后
用正则表达式测试它 将所有输入和输出保持在一个结构中。
在下面的示例中，这是Que哈希 不必那么复杂 Perl代码
use strict;
use warnings;
my $FullSequence = 'AUGCCGU';
my %Que = (
# structure:
# item = col pair , results ( target , match )
'1' => [ 1, 7, '', '' ],
'2' => [ 2, 1, '', '' ],
'3' => [ 2, 3, '', '' ],
'4' => [ 5, 3, '', '' ],
'5' => [ 5, 2, '', '' ],
'6' => [ 2, 3, '', '' ],
# simple overlap test
'7a' => [ 1, 2, '', '' ],
'7b' => [ 2, 3, '', '' ],
'7c' => [ 3, 4, '', '' ],
'7d' => [ 4, 5, '', '' ],
'7e' => [ 5, 6, '', '' ],
'7f' => [ 6, 7, '', '' ],
);
# Process Que
for my $key (keys %Que )
{
# Get target pair at column locations
my $target = substr( $FullSequence, $Que{$key}->[0] - 1, 1 ) . substr( $FullSequence, $Que{$key}->[1] - 1, 1 );
$Que{$key}->[2] = $target;
# Get match result of target
if ( $target =~ /(AU|CG|U[AG]|G[CU])/ ) {
$Que{$key}->[3] = $1;
next;
}
$Que{$key}->[3] = 'no match';
}
# Print Que result
for my $key ( sort (keys %Que) )
{
print "item $key = ";
print "cols (" . $Que{$key}->[0] . "," . $Que{$key}->[1] . ") ";
print "result (" . $Que{$key}->[2]. ") = " . $Que{$key}->[3] . "\n";
}
item 1 = cols (1,7) result (AU) = AU
item 2 = cols (2,1) result (UA) = UA
item 3 = cols (2,3) result (UG) = UG
item 4 = cols (5,3) result (CG) = CG
item 5 = cols (5,2) result (CU) = no match
item 6 = cols (2,3) result (UG) = UG
item 7a = cols (1,2) result (AU) = AU
item 7b = cols (2,3) result (UG) = UG
item 7c = cols (3,4) result (GC) = GC
item 7d = cols (4,5) result (CC) = no match
item 7e = cols (5,6) result (CG) = CG
item 7f = cols (6,7) result (GU) = GU
我所说的站点只是指字符串中的一个给定位置。我告诉程序在不同的位置提取字符串中的字符，形成一个新的字符串。程序测试新字符串是否与正则表达式匹配。我已经更新了问题（希望）以提高清晰度。@sln我想这是我问题的一部分。如果有一种合理的方法来编写一个正则表达式来完成这项任务，那么我就不用从头开始编写脚本了（但我并不完全反对这样做）。我只是想看看这是否必要。在某种程度上，我通常只是好奇这是否是正则表达式可以实现的，或者这是否超出了正则表达式的能力范围。“我只能提供一个正则表达式，而没有其他代码”如果您有要匹配的字符串，为什么不可以按您的意愿将其拆分？请解释一下，我的意思是这很简单，不是吗。字符串中必须包含偶数字符：
12345678if（$str=$a.$b）=~/（AU | CG | U[AG]| G[CU]）/{print“在$loopvariable\r\n找到$1”}