如何将fasta文件转换为sql表?

如何将fasta文件转换为sql表?,sql,database,fasta,Sql,Database,Fasta,我有一个fasta文件temp_mart.txt,如下所示: ENSG00000100219|ENST00000005082 MTLLTFRDVAIEFSLEEWKCLDLAQQNLYRDVMLENYRNLFSVGLTVCKPGL 我尝试使用sql将其加载到表中 load data local infile '~/Desktop/temp_mart.txt' into table mart 但不是得到这样的输出: +-----------------+------+------+ | ENS

我有一个fasta文件temp_mart.txt,如下所示:

ENSG00000100219|ENST00000005082
MTLLTFRDVAIEFSLEEWKCLDLAQQNLYRDVMLENYRNLFSVGLTVCKPGL
我尝试使用sql将其加载到表中

load data local infile '~/Desktop/temp_mart.txt' into table mart
但不是得到这样的输出:

+-----------------+------+------+
| ENSG            | ENST |               3UTR |
+-----------------+------+------+
| >ENSG0000010021 | ENST00000005082 |     MTLLTFRDVAIEFSL  |
我明白了:

+-----------------+------+------+
| ENSG            | ENST | 3UTR |
+-----------------+------+------+
| >ENSG0000010021 | NULL | NULL |
| MTLLTFRDVAIEFSL | NULL | NULL |
| EPWNVKRQEAADGHP | NULL | NULL |
| DKFTAMSSHFTQDLL | NULL | NULL |

一切似乎都进入了第一栏。将其加载到表中以便按预期显示的最佳方式是什么?我需要先将其转换为csv文件吗?

我假设您使用的是mysql作为rdbms。如果这不正确,请删除我添加的mysql标记(您可以),并将其替换为特定rdbms的标记。使用正确的标记可以让能够回答您的问题的用户更容易找到它。如果要使用该命令,您必须对文件进行预处理。否则,请创建正确处理文件的脚本。作为旁注,您向我们显示的fasta文件不正确(ID开头缺少“>”)且不完整(显示的文件中有更多添加到数据库中的内容)。为什么需要数据库中的该文件?这并不常见,数据库很难管理此类信息,而且有很多工具可以轻松处理FastA文件。谢谢你,Rene-我不知道如何找到我的特定rdbms,所以我刚刚删除了MySQL标记@Poshi-我如何创建一个脚本来正确处理文件是否要编辑表的说明?