SGE&x2B；sqlite3:错误：数据库已锁定

我正在尝试运行一个在集群（SGE）中使用sqlite3的脚本

脚本使用创建锁，填充数据库并释放锁

  $cat test.sh

  #!/bin/sh
  lockfile /commun/data/_tmp.idp448.lock
  sqlite3 /commun/data/stats.sqlite "create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);"
  rm -f /commun/data/_tmp.idp448.lock
  whoami

从所有节点都可以看到/common/data//common/data/_tmp.idp448.lock是我创建的一个随机名称，我是目前唯一使用我们新集群的人

如果没有qsub，脚本将不会出现任何问题：

  [lindenb]$ sh test.sh
  lindenb #prints whoami, no error on stderr

调用qsub时：

  $ qsub -cwd -S /bin/sh test.sh
  Your job 673 ("test.sh") has been submitted

  $ cat test.sh.o673
  lindenb #prints 'whoami', so the lock have been created and deleted


  $ cat test.sh.e673
  Error: database is locked

这是一个sqlite3错误

在SGE方面，你有什么想法，什么建议可能是问题的原因，这种行为差异

多谢各位 皮埃尔

更新：

我已以root用户身份登录群集的一个节点。以下简单命令失败： （/common/data/stats2.sqlite不存在）

它在~root中工作：

[root@node02 ~]# sqlite3 stats2.sqlite 'create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);'
[root@node02 ~]# 

---

从我在SGE上所做的测试来看，

lockfile

似乎无法在集群上工作。不过，似乎有效的是在中介绍的一个简单的

mkdir

锁

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使用

lockfile

，sge测试文件中报告的日期彼此非常接近。

exec节点上的/common/data是NFS挂载吗

您可能会在GridEngine设置中看到SQLite“Error:database is locked”消息的一个原因是，SQLite希望使用fcntl锁，除非您同时在客户端和服务器上运行lockd，否则它在NFSv3上无法正常工作

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我经常遇到这种情况，到目前为止，我所看到的每种情况都是在每个集群节点上启用lockd（或rpc.lockd，或nfslock，等等，取决于您的环境）服务，为共享文件系统提供服务的任何机器都将解决此问题。

I in{1..10}中的

是否会发生错误；do test.sh&done

？@choroba，我已经运行了循环，在stderr上没有错误。@Pierre:你用

（日期；主机名）

而不是

sqlite3

来验证

lockfile

是否真的有效了吗？我已经更新了我的问题，这是sqlite的问题，不是lockfile的问题

[root@node02 ~]# sqlite3 stats2.sqlite 'create table if not exists timeBeginDB(target text UNIQUE NOT NULL,inserted int);'
[root@node02 ~]# 

#!/bin/sh
DIR=/commun/data/
LOCK=$DIR/_tmp.idp448.lock
until mkdir $LOCK ; do
    sleep 4
done
(date ; hostname) >> $DIR/sge-test
rmdir $LOCK
whoami