Statistics lmFit模型数据集要求
我对R非常陌生,尝试分析一些表达式数组数据 对于基因表达分析,我们使用线性拟合和eBayes来计算数据。但是,如果我每个条件只有一个样本(比如说,一个对照,一个实验),我仍然可以使用lmFit/eBayes函数,或者只是对MA结果进行排序以找出顶部基因。是不是因为计算co效率每种情况至少需要两个样本 我读了limma软件包手册。它列举了一些例子。我注意到在时间过程实验(第50页)中,案例有两个0小时wt、两个0小时mu、一个6小时wt、一个6小时mu、一个24小时wt和一个24小时mu。它完成了lmFit/eBayes过程。是否因为这是一个时间过程的案例?如果我有一个时间过程数据,其中仍然包含每个条件的一个样本(例如,1个对照和1个实验,分别为0小时、6小时、12小时和24小时),那么使用lmFit/eBays计算co效率是否合理Statistics lmFit模型数据集要求,statistics,linear-regression,datetime-comparison,Statistics,Linear Regression,Datetime Comparison,我对R非常陌生,尝试分析一些表达式数组数据 对于基因表达分析,我们使用线性拟合和eBayes来计算数据。但是,如果我每个条件只有一个样本(比如说,一个对照,一个实验),我仍然可以使用lmFit/eBayes函数,或者只是对MA结果进行排序以找出顶部基因。是不是因为计算co效率每种情况至少需要两个样本 我读了limma软件包手册。它列举了一些例子。我注意到在时间过程实验(第50页)中,案例有两个0小时wt、两个0小时mu、一个6小时wt、一个6小时mu、一个24小时wt和一个24小时mu。它完成了
多谢各位 由于方差为0,因此(标准误差的)经验贝叶斯平滑将出现问题。我尝试了一个玩具示例,下面是它给出的错误:
> efit<-eBayes(fit)
>efit是的,时间进程是一个特例。假设表达式随时间平滑变化,并使用回归拟合时间趋势。
在所有其他设计中,都需要复制来检测差异表达式