String 字符串中位置的字母频率

我想计算字符串中每个位置4个字母的频率。字母是A，T，G，C

TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTAT
TAGTAGTTTGTGCTGTTA
TGAGGTAGTAGTTTGTAC
TGAGAACTGAATTCCATAGG

期望输出：

  Pos1  Pos2  Pos3  and so on. 
A 0     1
T 4     0
C 0     0
G 0     3

到目前为止，我已经使用了一个名为Biostrings的R包，它可以工作，但我想知道perl是否可以做到这一点

x = "TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTAT
TAGTAGTTTGTGCTGTTA
TGAGGTAGTAGTTTGTAC
TGAGAACTGAATTCCATAGG"

解决办法是

library(Biostrings)
consensusMatrix(DNAStringSet(strsplit(x, "\n")[[1]]))

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对于数百万个序列来说，这将是最快的。

到目前为止，您尝试了什么？。。。为什么要切换到Perl？Perl不会这样做，但可以用Perl来做。但为什么呢？在过去，这样低质量的问题最多只能得到几张反对票，但这表明了一些不健康的宗教热情。让我们看看这是否是我们想要的社区。OP可能有一个非常合理的解释，为什么Perl是这里的首选语言。让我们保持开放的心态，好吗。