Text 使用sed命令删除特定行中的所有数字

这可能存在于其他地方，但我找不到它。我的目标是从blast搜索中删除额外的数字，以便在保留数字序列id的同时提取序列数据

原始：

>k141_100041 flag=0 multi=242.9841 len=43238
Sbjct  16375  MSEELTQNSGSNYSASSIQVLEGLEAVRKRPAMYIGDISEKGLHHLVYEVVDNSIDEALA  16196
Sbjct  16195  GYCTHIEVTINEDNSITVQDNGRGIPVDFHEKEKKSALEVVMTVLHAGGKFDKGSYKVSG  16016
Sbjct  16015  GLHGVGVSCVNALSTHMTTNVFRNGKIYQQEYECGKPLYAVKEVGTTDITGTRQTFWPDG  15836
Sbjct  15835  SIFTVTEYKYSILQARMRELAYLNKGITITLTDKRVKEEDGSYKQEKFHSEEGVKEFVRF  15656
Sbjct  15655  LNSNNTPLIDDVIYLNTEKQGIPIECAIMYNTGFRENLHSYVNNINTIEGGTHEAGFRMA  15476
Sbjct  15475  LTRVLKKYAEESKALEKAKVEISGEDFREGLIAVISVKVSEPQFEGQTKTKLGNNEVSGA  15296
Sbjct  15295  VNQAVGEALTYYLEEHPKEAKIIVDKVVLAATARVAARKARESVQRKSPMGGGGLPGKLA  15116
Sbjct  15115  DCSSRVAEECELFLVEGDSAGGSAKQGRSRQFQAILPLRGKILNVEKAMWHKAFESDDVN  14936
Sbjct  14935  NIIQALGVRFGVDGEEDSKKANIDKLRYHKVIIMTDADVDGSHIDTLIMTLFYRYMPEVI  14756
Sbjct  14755  QGGHLYIATPPLYKCSKGKISEYCYTDEARQAFIQKYGEGNEQGIHTQRYKGLGEMNPEQ  14576
Sbjct  14575  LWETTMNPETRILKQVNIENAAEADYIFSMLMGDDVGPRREFIEKNATYANIDA  14414

目标：

我可以使用sed命令轻松删除'Sbjct'行和数字，但我不知道如何从sed命令中免除id行（k141_112817…）。任何帮助都将受到感谢

sed -E '/^>/n;s/\S+\s*//4;s///2;s///1' file

GNU与

-E

一起使用以允许扩展正则表达式

• /^>/n

  保留以
  开头的行（使用

  n

  命令）

• s/\s+\s*//4

  删除第四个单词<代码>\S是非空白

• s///2

  删除第二个单词（替换中的空匹配项将使用上一个匹配项）

• s///1

  删除第一个单词

---

我认为

sed

是错误的工具，因为您似乎想要：

awk '/^Sbjct/{$0 = $3}1' input-file

这可能适用于您（GNU-sed）：

当遇到以

Sbjct

开头的行时，删除前两个字段和最后一个字段（以及中间的空格）

---

这是sed可解的，但在这种情况下，我同意William Pursell的观点，并将使用Awk。

sed-n-r'1p；s/（[^]+）\s+（[^]+）\s+（.{61}）。*/\3/gp'inputfile

应该帮助您简单地匹配需要处理的行，并用行中选定的字符范围替换整行。类似这样的：

sed-e的/Sbjct[[:space:][[:space:]*[0-9][0-9]*[:space:][:space:]*\（[^[:space:]]]*\[:space:]./\1/'input

上面的方法同样有效，但我认为使用awk命令（下面）是一种更简单的方法。谢谢你的意见！是的，你完全正确，它工作得非常完美，我认为它比sed命令要简单得多。非常感谢你的帮助！

awk '/^Sbjct/{$0 = $3}1' input-file

sed -E '/^Sbjct/s/.* .* (\S+) .*/\1/' file