使用'~'；输入指令中的（又称tilde）似乎不起作用？

这是我第一次尝试在输入中使用“~”。 当我将“~”转换为绝对路径时，它会起作用

证明它们是同一文件：

(CentOS5-Compatible) [tboyarski@login2 6-bamMetrics]$ ls ~/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list
-rw-rw-r-- 1 fcchan users 24K Dec 12  2013 /home/tboyarski/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list

(CentOS5-Compatible) [tboyarski@login2 6-bamMetrics]$ ls /genesis/extscratch/clc/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list
-rw-rw-r-- 1 fcchan users 24K Dec 12  2013 /genesis/extscratch/clc/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list

(CentOS5-Compatible) [tboyarski@login2 6-bamMetrics]$ ls /home/tboyarski/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list
-rw-rw-r-- 1 fcchan users 24K Dec 12  2013 /home/tboyarski/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list

不起作用：

rule intervalList:
    input:
       "~/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list"

作品：

rule intervalList:
    input:
       "/home/tboyarski/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list"

我现在只尝试在输入指令中使用它。我可能会花点时间看看它是否可以作为一个输出指令（不是我需要的东西，只是好奇而已）

想法

编辑

@alvits能够指出，在对~求值之前，shell会将~转换为${HOME}。似乎在向蛇行提供~时，不会发生这种转换。简单的替代方法是始终使用${HOME}，它可以在MacOSX和Linux上工作：）

我成功地使用了以下各项：

rule intervalList:
    input:
       "${HOME}/share/references/rRNA.ensg72.hg19.interval_list"

第二次编辑

用户指出我所认为的解决方案实际上并非如此。

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解决方案是在输入指令中不使用“~”或“${HOME}”。

您可以尝试在

os.path.expanduser

中包装路径（在snakefile中导入操作系统后可用）：

在Unix和Windows上，返回参数时，初始组件

~

或

~user

被该用户的主目录替换

---

（引自文档：）

我将结束这个问题

我最终同意了它的建议

我之所以选择它，是因为这是tilde所代表的，所以以非引用形式提供它是有意义的

expanduser包装虽然是一种可能性，但对于所需的内容来说，这是一种过分的做法

谢谢大家的帮助

2017/06/09-编辑：不要在Snakemake输入中使用“~”或“${HOME}”。

在看到约翰内斯·克斯特的评论后，我再次检查了我所做的事情，但我无法复制它

很抱歉给你带来了困惑。非常感谢您捕捉到这个错误J.K

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我不确定我之前安装了什么。我最终改变了文件的使用方式，即使使用git，我也无法复制它

Shell中的

~

会进行波浪线扩展

~

本身就相当于

${HOME}

snakemake

不是外壳，也没有扩展。这似乎对我有好处。我将使用${HOME}。我真的需要相对论。非常感谢。嗯，实际上我看不出这是怎么回事。Snakemake不扩展${HOME}。因为它不是一个外壳，所以它从字面上看占据了每一条路径。它的行为就像python。你的逻辑是无可挑剔的J.K。我编辑了这篇文章来反映这一点。谢谢你的接球！