Tree 浓缩系统发育树

我试图浓缩（简化所有叶子都有相同标签的分支）phyloxml格式的系统发育树。一个名为Newick Utils的程序非常有用，可以使用Newick格式树来实现这一点，它可以压缩此树：

在这一点上：

当我最终尝试将我的基因树拆分为每个复制节点上的所有子树时，这是一种在不丢失信息的情况下减少子树数量的有用方法

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有人知道用phyloxml树实现这一点的方法吗？Newick Utils只接受Newick格式，因此我需要一种使用Biopython解析phyloxml格式的方法。谢谢。

作为快速回答，您可以非常轻松地将phyloxml转换为newick：

from Bio import Phylo

Phylo.convert("original.xml", "phyloxml", "converted.newick", "newick")

现在您可以调用Newick Utils来压缩树

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如果要删除同名的叶，请执行以下操作：

for clade in tree.find_clades():
    if clade.count_terminals() > 1:
        leafs = clade.get_terminals()
        if len(set([t.name for t in leafs])) == 1:
            # All the leafs in this clade have the same name.
            #  Cut them all except the first one.
            for leaf in leafs[1:]:                               
                tree.prune(leaf)

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理想情况下，您可以将上述代码放在一个返回新修剪树的函数中，并在每次修剪叶子时调用该函数。

我确实尝试过转换为Newick（承认使用的是Archoeopteryx而不是biopython），但当我转换回phyloxml时，丢失了很多信息（我需要在子树拆分过程中使用我的树）。最重要的是，我丢失了“事件”标记，该标记指示是否发生了物种形成或复制。因为这是我拆分树的基础（使用if clades.events.replication），我想在这种情况下，这不是一个理想的解决方案？@spiral01，查看答案中的加法。