Ubuntu 潘多克公司；Rstudio Knitr内存泄漏

我试图在一个拥有15GB内存的私有ubuntu amazon ec2实例上编织一个.Rmd文件。我从源代码处安装了rstudio（rstudio 0.99.903-Ubuntu 12.04+/Debian 8+（64位）），没有问题，然后链接了pandoc的附带版本

并确认了它的路径

ubuntu@ip-172-31-46-87:~$ pandoc -v
pandoc 1.15.2

从命令行调用knitr

Rscript -e "rmarkdown::render('Observed.Rmd')" &> run.txt

我可以成功地编织小测试运行

然而，当我尝试更大的运行时，我得到了错误

/usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS SingleSpecies.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output SingleSpecies.html --smart --email-obfuscation none --self-contained -M2GB +RTS -K64m -RTS --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template /home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/default.html --number-sections --variable 'theme:spacelab' --include-in-header /tmp/RtmpWXb9A4/rmarkdown-str58570a61934.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/highlight --variable navigationjs=/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/navigation-1.0 
Error: pandoc document conversion failed with error 127
Execution halted
Warning message:
system call failed: Cannot allocate memory 

我已经尝试过通过添加到YAML来增加堆大小，然后是另一个堆大小

output: 
  html_document:
    keep_md: yes
    number_sections: yes
    theme: spacelab
    toc: yes
    pandoc_args: [
    "-M2GB", "+RTS", "-K64m", "-RTS"
    ]

我也试过了

self_contained: no

从中我可以看出，正在编织的数字总共只有40MB

ubuntu@ip-172-31-21-194:~/Whales$ du SingleSpecies_files/ -sh
40M     SingleSpecies_files/

在e2c上，我以五分钟为增量跟踪内存

我可以看到knitr（或pandoc）开始吞噬内存，在五分钟内超过10GB。是什么导致了这次泄漏？是的，有几十个数字，有些来自ggmap，但它们远远不能解释所有的内存分配。我承认这是不可复制的，但我已经尽力做到彻底。欢迎所有建议

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我怀疑，由于我在rstudio之外运行knitr，因此有一个rstudio环境变量可以稳定大型knitr运行

在ubuntu 14.04中使用当前版本的RStudio，这两个命令中的任何一个都会使ubuntu加载越来越多的内存，直到崩溃：

Sys.setenv(LANG = "en")
Sys.setlocale("LC_TIME", "en_US")

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你能分享你的Rmd文件吗？我的猜测是：看看这个……Rmd在这里：我对knit文件中的一个小

ggmap

也有同样的问题。这真的很糟糕，不是程序应该如何配置或在出错时退出。这是一个用Haskell编写的文档转换器。。。所有那些漂亮的编译器类型检查和强制执行都是徒劳的！欢迎！好吧，那么。。。不起作用。最后，我给了虚拟机10gib的内存。缓解了问题，因为我不必在“只工作一次”的编织过程之间重新启动。

Sys.setenv(LANG = "en")
Sys.setlocale("LC_TIME", "en_US")