Unix 基于列中的内部值筛选文件

在UNIX中，我想根据第3列中的“DP”值筛选我的3列文件。 我只想获得DP值大于7的行

A|49.14|AC=2;AF=0.500;AN=4;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;
T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

---

我在这里用“|”来分隔我的三列

这里有一个简单的解决方案

$ echo "A|49.14|AC=2;AF=0.500;AN=4;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;
AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
MLEAC=6;" \
| awk '{dpVal=$0;sub(/.*DP=/, "", dpVal);sub(/;.*$/,"", dpVal); if (dpVal>7) print}'

输出

T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

这将复制每一行（$0），删除DP=之前的所有内容，以及尾部

之后的所有内容char，只保留DP的值。测试该值，如果为真，则打印整行（awk
print
的默认操作是打印整行，但您可以告诉它打印您喜欢的任何内容，可能是
print”找到它：“$0
或大量变体

编辑

T|290.92|AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;
T|294.75|AC=6;AF=1.00;AN=6;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=6;

我想保持前53行的完整性，并将它们保存到Output.txt文件中

是的，非常简单，您走对了方向。使用awk，让多个条件在一个文件中处理不同的部分或条件非常容易。请尝试以下方法：

awk 'FNR <= 53 {print}
     FNR >  53 {
        vpVal=$0;sub(/.*DP=/, "", dpVal);sub(/;.*$/,"", dpVal)
        if (dpVal>7) print
    }'  File.vcf > Output.txt

awk'FNR 53{
vpVal=$0；sub（/.*DP=/，“”，dpVal）；sub（/；*$/，“”，dpVal）
如果（dpVal>7）打印
}'File.vcf>Output.txt

（我没有要测试的文件，因此如果这不正确，请告诉我）

IHTH
谢谢，它工作得很好-但我需要添加另一个级别：我当前使用的命令是：awk'FNR>53'File.vcf | awk'{dpVal=$0；sub（/.*DP=/，“”，dpVal）；sub（/；*$/，“”，dpVal）；if（dpVal>=6）print}“>Output.txt如您所见，我正在从第54行开始运行筛选器。我希望保持前53行的完整性，并将它们保存到我的Output.txt文件中。我可以使用一个命令行吗？我尝试了：awk'FNR 55{vpVal=$0；sub（/.*DP=/，“”，dpVal）；sub（/；.$/，“”，dpVal）；if（dpVal>=6）print}'threePatients.vcf>Output.txt然而，虽然没有错误消息-我只得到了第一部分工作，这意味着-我只得到了Output.txt文件中的55个头行，其余的命令似乎无法运行。我已经成功地用一个命令行解决了我的任务，如下所示：（head-n55 threePatients.vcf和&awk'FNR>55'threePatients.vcf | awk'{dpVal=$0；sub（/.*DP=/，“”，dpVal）；sub（/；*$/，“”，dpVal）；if（dpVal>=6）print}）SimulalDp6VCFI非常感兴趣，但要了解你的建议是否可以进一步改进，所以它实际上会考虑这两个PASSM，而不仅仅是第一个，正如它目前所做的……如果你能，请再看一看，告诉我你是否有任何建议。如果你的命令，如果工作的话，看起来比我的更优雅。nks！（如果您愿意，我可以通过电子邮件将VCF文件发送给您！）