Arrays 使用perl在一个文件中使用列查找另一个文件中的匹配列时出现定义错误

我有一个制表符分隔的输入文件，格式如下：

+    Chr1    www
-    Chr2    zzz
...

我想逐行查看以引用选项卡分隔的文件（下面代码中的成绩单），格式如下：

Chr1    +    xxx    UsefulInfo1
Chr2    -    yyy    UsefulInfo2
...

并希望输出如下所示：

+    Chr1    UsefulInfo1
-    Chr2    UsefulInfo2
...

以下是我尝试从命令行获取变量名，从输入文件中获取某些信息，并从参考文件中附加有用的信息：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use diagnostics;

my $inFile = $ARGV[0];
my $outFile = $ARGV[1];

open(INFILE, "<$inFile") || die("Couldn't open $inFile: $!\n");
open(OUTFILE, ">$outFile") || die("Couldn't create $outFile: $!\n");

open(TRANSCRIPTS, "</path/TranscriptInfo") || die("Couldn't open reference file!");
my @transcripts = split(/\t+/, <TRANSCRIPTS>);
chomp @transcripts;

#Define desired information from input for later
while (my @columns = split(/\t+/, <INFILE>)) {
    chomp @columns;
    my $strand = $columns[0];
    my $chromosome = $columns[1];

    #Attempt to search reference file line by line for matching criteria and copying a column of matching lines
    foreach my $reference(@transcripts) {
        my $refChr = $reference[0]; #Error for this line
        my $refStrand = $reference[1]; #Error for this line
        if ($refChr eq $chromosome && $refStrand eq $strand) {
            my $info = $reference[3]; #Error for this line
            print OUTFILE "$strand\t$chromosome\t\$info\n";
        }
    }
}

close(OUTFILE); close(INFILE);

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
使用诊断；
my$infle=$ARGV[0]；
my$outFile=$ARGV[1]；
打开（填充），固定：

使用严格；
使用警告；
使用特征qw（例如）；
我的$in_qfn=$ARGV[0]；
my$out_qfn=$ARGV[1]；
my$transcripts_qfn=“/path/TranscriptInfo”；
我的抄本；
{
打开（我的$transcripts\u fh，“，$out\u qfn）
或者死亡（“无法创建\“$out\u qfn\”：$！\n”）；
而（）{
咀嚼；
我的（$strand，$chr）=拆分（/\t/，$\u1）；
我的$成绩单（@成绩单）{
我的$ref_chr=$transcript->[0]；
我的$ref_strand=$transcript->[1]；
if（$chr eq$ref\U chr&$strand eq$ref\U strand）{
我的$info=$transcript->[2]；
说出$out\U fh join（“\t”、$strand、$chr、$info）；
}
}
}
}


也就是说，上面的方法效率很低。我们调用N$transcript_qfn中的行数，调用M$in_qfn中的行数。内部循环执行的次数等于N*M。实际上，它只需要执行N次

use strict;
use warnings;
use feature qw( say );

my $in_qfn          = $ARGV[0];
my $out_qfn         = $ARGV[1];
my $transcripts_qfn = "/path/TranscriptInfo";

my %to_print;
{
   open(my $in_fh, "<", $in_qfn)
      or die("Can't open \"$in_qfn\": $!\n");
   while (<$in_fh>) {
      chomp;
      my ($strand, $chr) = split(/\t/, $_, -1);
      ++$to_print{$strand}{$chr};
   }    
}

{
   open(my $transcript_fh, "<", $transcript_qfn)
      or die("Can't open \"$transcript_qfn\": $!\n");
   open(my $out_fh, ">", $out_qfn)
      or die("Can't create \"$out_qfn\": $!\n");
   while (<$transcript_fh>) {
      chomp;
      my ($ref_chr, $ref_strand, $info) = split(/\t/, $_, -1);
      next if !$to_print{$ref_strand};
      next if !$to_print{$ref_strand}{$ref_chr};
      say $out_fh join("\t", $ref_strand, $ref_chr, $info);
   }
}

使用严格；
使用警告；
使用特征qw（例如）；
我的$in_qfn=$ARGV[0]；
my$out_qfn=$ARGV[1]；
my$transcripts_qfn=“/path/TranscriptInfo”；
我的打印百分比；
{
打开（我的$in_fh，“，$out_qfn）
或者死亡（“无法创建\“$out\u qfn\”：$！\n”）；
而（）{
咀嚼；
我的（$ref\u chr，$ref\u strand，$info）=拆分（/\t/，$）；
下一个if！$to_print{$ref_strand}；
下一个if！$to_print{$ref_strand}{$ref_chr}；
说出$out\u fh join（“\t”，$ref\u strand，$ref\u chr，$info）；
}
}
awk'{print$2}'文件1>temp1；egrep-f temp1文件2 | awk'{print$2，$1，$4}'
use strict;
use warnings;
use feature qw( say );

my $in_qfn          = $ARGV[0];
my $out_qfn         = $ARGV[1];
my $transcripts_qfn = "/path/TranscriptInfo";

my %to_print;
{
   open(my $in_fh, "<", $in_qfn)
      or die("Can't open \"$in_qfn\": $!\n");
   while (<$in_fh>) {
      chomp;
      my ($strand, $chr) = split(/\t/, $_, -1);
      ++$to_print{$strand}{$chr};
   }    
}

{
   open(my $transcript_fh, "<", $transcript_qfn)
      or die("Can't open \"$transcript_qfn\": $!\n");
   open(my $out_fh, ">", $out_qfn)
      or die("Can't create \"$out_qfn\": $!\n");
   while (<$transcript_fh>) {
      chomp;
      my ($ref_chr, $ref_strand, $info) = split(/\t/, $_, -1);
      next if !$to_print{$ref_strand};
      next if !$to_print{$ref_strand}{$ref_chr};
      say $out_fh join("\t", $ref_strand, $ref_chr, $info);
   }
}