Arrays 从数组中删除空白正则表达式命中

我正在执行正则表达式搜索，希望只打印fasta格式的命中数据（两行数据：第一行以胡萝卜“>”开头，然后是命中，第二行没有胡萝卜，但仍然包含命中信息）。
我可以成功地生成一个输出multifasta文件，但是无论是否命中，输出文件中都包含胡萝卜和换行符

生成的输出：

    > 

    >

    >TAGCTAGC
    TAGCTAGC
    >

    >GCTAGCTA
    GCTAGCTA 

    >TAGCTAGC
    TAGCTAGC  
    >GCTAGCTA  
    GCTAGCTA

期望输出：

    > 

    >

    >TAGCTAGC
    TAGCTAGC
    >

    >GCTAGCTA
    GCTAGCTA 

    >TAGCTAGC
    TAGCTAGC  
    >GCTAGCTA  
    GCTAGCTA

这是我的密码：

    #!/usr/bin/perl 
    use warnings; 
    use strict; 

    open(CLUSTER, ">", "SequencesToCluster.txt") or die $!; 

    my @TrimmedSequences; 

    my @ArrayofFiles = glob ("~/BLASTdb/Individual_Sequences_*"); 

    foreach my $file (@ArrayofFiles){ 
        open (my $sequence, $file) or die "can't open file: $!"; 
        while (my $line = <$sequence>){ 
            if ($line !~/^>/){ 
            my $seq = $line; 
            $seq =~ s/\R//g; 
            $seq =~ m/([TAGC]{16})(CGGAGCTTTA|GCCATTTCT|TAAAGCTCCG|AGAAATGGGC/; 
            push(@TrimmedSequences, ">", $1, "\n", $1, "\n");  
            } 
       } 
    } 
    #Here I believe I need to manipulate the array to get rid of blank fastas
    print CLUSTER @TrimmedSequences; 

#/usr/bin/perl
使用警告；
严格使用；
打开（CLUSTER，“>”，“SequencesToCluster.txt”）或die$！；
我的@TrimmedSequences；
my@ArrayofFiles=glob（“~/BLASTdb/Individual_Sequences_*”）；
foreach my$文件（@ArrayofFiles）{
打开（我的$序列，$文件）或死亡“无法打开文件：$！”；
而（我的$line=）{
如果（$line！~/^>/）{
my$seq=$line；
$seq=~s/\R//g；
$seq=~m/（[TAGC]{16}）（CGGAGCTTTA | gccattct | taaagctcg | agaatgggc/；
推送（@TrimmedSequences，“>”，$1，“\n”，$1，“\n”）；
} 
} 
} 
#在这里，我相信我需要操纵数组来摆脱空白的fastas
打印集群@TrimmedSequences；

如果要过滤数组，工具是

grep

例如

这将过滤任何仅为空白的元素。在您的情况下，因为它是空的或只是一个

：

/^>？\s*$/

但是，这解决了一个本来不需要存在的问题。您可以：

$seq =~ m/([TAGC]{16})(CGGAGCTTTA|GCCATTTCT|TAAAGCTCCG|AGAAATGGGC)/ 
       && push(@TrimmedSequences, ">", $1, "\n", $1, "\n");  

---

这将只有<代码>推< /代码>如果正则表达式匹配。

你可以检查“代码> > 1个/<代码>定义在你的内部while循环中，而不是首先推空行。你最后的代码> $SEQ＝~/代码>似乎遗漏了一个代码> <代码>总是有一个第二双眼睛检查我的打字总是好的！对不起，打错了。接得好，太棒了。谢谢大家!@罗布，如果答案帮助你解决了问题，请接受答案。这将帮助具有相同问题的其他用户快速找到解决方案。