嵌套的awk命令？

我有以下两个代码：

nut=`awk "/$1/{getline; print}" ids_lengths.txt`

及

但是，上面代码中的$1不应表示ids_length.txt中的列，而应表示neco.txt中的第一列！（类似于我在主代码中使用$6和$4）

如果您能帮助解决这些嵌套AWK，我们将不胜感激：-）

---

编辑： 我的输入文件（neco.txt）的行如下所示：

FZWTUY402JKYFZ  2   100.000 3   11  9     4.500 7   0   0   0   .   TG  TGTGTGTGT

>FZWTUY402JKYFZ 
153
>FZWTUY402JXI9S 
42
>FZWTUY402JMZO4 
158

最大的问题是，当使用第一列（例如FZWTUY402JKYFZ）进行搜索时，我想过滤第五列中的数字小于数字的行，这是我从另一个文件（ids_length.txt）获得的。这就是为什么我在草稿脚本中加入“nut”变量：-）

ids_length.txt如下所示：

FZWTUY402JKYFZ  2   100.000 3   11  9     4.500 7   0   0   0   .   TG  TGTGTGTGT

>FZWTUY402JKYFZ 
153
>FZWTUY402JXI9S 
42
>FZWTUY402JMZO4 
158

大约：

awk -v select="$1" '$0 ~ select && FNR == NR { getline; nut = $0; } FNR == NR {next} $4 > 1 $5 < nut && $6 >= 49 && $6 <= 180 && ! /#/ && ! /seq-name/ && $NF ~ /^AC.+CA$/ {count++} END {print count}' neco.txt ids_lengths.txt

大约：

awk -v select="$1" '$0 ~ select && FNR == NR { getline; nut = $0; } FNR == NR {next} $4 > 1 $5 < nut && $6 >= 49 && $6 <= 180 && ! /#/ && ! /seq-name/ && $NF ~ /^AC.+CA$/ {count++} END {print count}' neco.txt ids_lengths.txt

---

您可以将两个

grep-v

操作和四个连续的

awk

操作组合为一个操作。这为您提供了有用的经济性，而无需完全重写所有内容：

nut=`awk "/$1/{getline; print}" ids_lengths.txt`
grep -E -v '#|seq-name' neco.txt |
grep -E '(\S+\s+){13}\bAC(.)+CA\b' |
awk -vnut="$nut" '$6 >= 49 && $6 <= 180 && $4 > 1 && $5 < nut { print }' |
wc -l

nut=`awk/$1/{getline；print}”ids_length.txt`
grep-E-v'#| seq name'neco.txt|
grep-E'（\S+\S+{13}\bAC（.）+CA\b'|
awk-vnut=“$nut”'$6>=49&&6 1&&5

---

我不会费心让一个

awk

脚本确定

nut

的值，并进行基于值的过滤。这是可以做到的，但它会使事情变得不必要的复杂化——除非您能够证明整个事情是生产系统性能的瓶颈，在这种情况下，您会更加努力地工作（尽管在这种情况下我可能会使用Perl；它可以在一个命令中完成全部工作）.

您可以将两个

grep-v

操作和四个连续的

awk

操作组合为一个操作。这为您提供了有用的经济性，而无需完全重写所有内容：

nut=`awk "/$1/{getline; print}" ids_lengths.txt`
grep -E -v '#|seq-name' neco.txt |
grep -E '(\S+\s+){13}\bAC(.)+CA\b' |
awk -vnut="$nut" '$6 >= 49 && $6 <= 180 && $4 > 1 && $5 < nut { print }' |
wc -l

nut=`awk/$1/{getline；print}”ids_length.txt`
grep-E-v'#| seq name'neco.txt|
grep-E'（\S+\S+{13}\bAC（.）+CA\b'|
awk-vnut=“$nut”'$6>=49&&6 1&&5

---

---

我不会费心让一个

awk

脚本确定

nut

的值，并进行基于值的过滤。这是可以做到的，但它会使事情变得不必要的复杂化——除非您能够证明整个事情是生产系统性能的瓶颈，在这种情况下，您会更加努力地工作（尽管在这种情况下我可能会使用Perl；它可以在一个命令中完成全部工作）.

几乎可以肯定，没有必要对所有的

grep

s和

awk

s进行管道输送，并尝试嵌套

awk

s。请展示一些输入数据和您想要的输出数据，我们将帮助您简化所有这些。同意丹尼斯·威廉姆森的观点。我很确定，所有的事情都可以用

awk

脚本来完成，而不需要那些管道。谢谢你们，伙计们，我编辑了我的问题。你们需要

$nut

调用

awk

，使用双引号；否则，

awk

将

$nut

解释为

$0

（因为其变量

nut

为零）。（或者，使用

awk-vnut=$nut'$4

，避免@DennisWilliamson指出的问题。）关键的一点是，shell不会在单引号内展开

$nut

。@JonathanLeffler:在这种情况下，

$4

将需要

\$4

。几乎可以肯定的是，不需要对所有

grep

和

awk

进行管道传输，并尝试嵌套

awk

s。请展示一些输入数据和您想要的输出数据，我们将帮助您简化所有这些。同意丹尼斯·威廉姆森的观点。我很确定，所有的事情都可以用

awk

脚本来完成，而不需要那些管道。谢谢你们，伙计们，我编辑了我的问题。你们需要

$nut

调用

awk

，使用双引号；否则，

awk

将

$nut

解释为

$0

（因为其变量

nut

为零）。（或者，使用

awk-vnut=$nut'$4

，避免@DennisWilliamson指出的问题。）关键是shell不会在单引号内展开

$nut

。@JonathanLeffler:在这种情况下，

$4

必须是

\$4

。复杂的正则表达式应该只匹配最后一列，并搜索序列的特定开头和结尾。例如，以AC开头，以CA结尾的。那么，长度（$6）应该大于或等于49，小于或等于180，开始（$4）应该大于1，结束（$5）应该小于“螺母”。@Perlnika:我想我已经解决了这些问题。谢谢。我可能在删除空格时输入了一些错误，我将尝试修复它。awk-v select=“$1””$0~select&&FNR==NR{getline nut=$0；}FNR==NR{next}$4>1$5=49&&6@Perlnika：我的答案中的oneliner版本在

getline

之后有一个分号。您评论中的版本不适用。这就是语法错误的来源。复杂的正则表达式应该只匹配最后一列，并搜索序列的特定开头和结尾。例如，以AC开头，以CA结尾的。那么，长度（$6）应该大于或等于49，小于或等于180，开始（$4）应该大于1，结束（$5）应该小于“螺母”。@Perlnika:我想我已经解决了这些问题。谢谢。我可能在删除空格时输入了一些错误，我将尝试修复它。awk-v select=“$1””$0~select&&FNR==NR{getline nut=$0；}FNR==NR{next}$4>1$5=49&&6@Perlnika：我的答案中的oneliner版本在

getline

之后有一个分号。您评论中的版本不适用。这就是语法错误的来源。非常感谢！我可能用错了你的脚本，但我想我很可能会：~$nut=

awk/$1/{getline；print}“ids_length.txt

；grep-E-v'#seq name'neco.txt | grep-E'（\S+\S+{13}\bAC（.）+CA\b'| awk-vnut=$nut'$6>=49&$61&$5