使用awk将原始序列转换为fasta

我有一个短核苷酸序列列表，每行一个，我需要转换成fasta格式。我正在尝试使用awk，但到目前为止，我的代码只是挂起，使用的是一个10行测试文件。我的输入文件如下所示：

ACGTACGTACGT
CGTACGTACGTA
GTACGTACGTAC
TACGTACGTACG

对于每个序列，我的输出应该有一个编号的标题行-数字可以从1开始计数，也可以从输入文件中获取行号（应该是相同的），序列位于新行上，如下所示：

> seq 1
ACGTACGTACGT
> seq 2
CGTACGTACGTA
> seq 3
GTACGTACGTAC
> seq 4
TACGTACGTACG

我尝试使用NR变量进行计数：

awk -F '{echo "> seq ",NR;"\n"; print $0}' in.txt > out.fasta   

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欢迎提出任何建议-我对这方面还不熟悉

你能试试下面的吗

awk '{print "> seq " ++count ORS $0}'  Input_file

如果您想为

awk

使用

FNR

行计数变量，那么您也可以尝试以下操作

awk '{print "> seq " FNR ORS $0}'  Input_file

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您也可以通过将

>output\u file

附加到上述命令，将上述命令的输出重新定向到输出文件。

太棒了，谢谢。所以新行是默认的记录分隔符，handy@Joanne，

ORS

是

awk

提供的一个，它的值将是新行，因此，由于我们在这里打印的是在当前行之前的新文本，所以我使用

ORS

打印新行，是默认记录分隔符将仅为

awk

的新行。