Bash 如何为for循环中的多个输入文件生成多个输出文件

我是bash的新手，我正在编写一个“for-loop”脚本来运行fastqc软件中的宏基因组序列。我的问题是，在为这些多序列构建输出文件时，理想的做法是使用带有变量的文件，例如每个样本的assembly_“something”（assembly_something 1；assembly_something 2…）。然而，我不能执行这最后一步，我将在下面留下我的脚本，如果有人能告诉我这样做的方法，将不胜感激。谢谢

#!/bin/bash
cd Metagenomas

set -x

for forward in *R1_001.fastq; do
    prefix="${forward%R1_001.fastq}"
    reverse="${forward%R1_001.fastq}R2_001.fastq"
    echo "$prefix $forward $reverse 12"
    fastqc -1 $forward -2 $reverse -t 15 -o /home/joaopedro-coelho/assembly_"$prefix"
done

---

确认您在当前工作目录中拥有您认为拥有的文件。

ls-al*R1\u 001.fastq是否列出了所需的文件？
echo“$prefix$forward$reverse 12”
是否输出您所期望的结果？您的脚本看起来是正确的，但我不能保证
fastqc-1$forward-2$reverse-t15-o/home/joaopedro coelho/assembly_933;“$prefix”
行。否则，您的脚本会在创建了
touch{a，b，c}r1001.fastq
文件的目录中为
echo“$prefix$forward$reverse 12”
生成正确的输出。这是否回答了您的问题？