bash脚本；按行搜索表中的阈值文件并打印到文件或标准输出

Linux-newbe

我有一个目录，包含>100个目录，每个目录都有一个具有类似内容的文件

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 Final Restraint Analysis for coords: md.rst


 Restraints, deviations, and energy contributions:    pencut =   -0.00

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     First atom        Last atom    curr. value target deviation  penalty
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 *H43  BOC    1 --  H    ALA    2:    4.506    4.760    0.000    0.000 d    0: 0

在这些文件中，有与上一行类似的行。我需要在每一行搜索一个阈值的列惩罚，如果它大于这一行，则应打印到标准输出或文件中。 我开始使用cut，但在使用分隔符时遇到了困难，即使我剪切了正确的coulmn，我也不知道如何保存行号并将这一行打印到文件或标准输出

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感谢您的帮助

在大量帮助下，我终于找到了一个解决方案：

#! /bin/bash
cutoff=5.0
for i in sim_results_rep*; do

while read -r LINE; do
echo $LINE | grep 'First atom' > /dev/null
if [ $? -ne 0 ]
then
  continue 
else
 read -r LINE 
    while true; do 
      read -r LINE
      echo $LINE | grep 'Total distance penalty' > /dev/null
      if [ $? -ne 0 ] 
      then
       x=`echo "$LINE" | awk '{print $11}'` 
    if [ `echo "$x > $cutoff" | bc` == 1 ] 
    then
      echo "In file $i, the follwing distance has a penalty higher than $cutoff"
      echo $LINE
    else
      continue 

    fi

  else 
    break
    fi

  done
  break 
fi

done < $i/*.nmrout

done

#/bin/bash
截止值=5.0
对于模拟结果中的i；做
而read-r行；做
echo$LINE | grep'First atom'>/dev/null
如果[$？-ne 0]
然后
继续
其他的
read-r行
虽然真实；做
read-r行
echo$LINE | grep‘总距离惩罚’>/dev/null
如果[$？-ne 0]
然后
x=`echo“$LINE”| awk'{print$11}`
如果[`echo“$x>$cutoff”|bc`==1]
然后
echo“在文件$i中，跟随距离的惩罚高于$cutoff”
回音$线
其他的
继续
fi
其他的
打破
fi
完成
打破
fi
完成<$i/*.nmrout
完成

是否可以将文件格式更改为csv？如果列由多个空格分隔，这是否有效

cat您的_文件| tr-s“”、|cut-d“、“-f 12

对于上面的示例文件，我可以想象通过

cat-n

来获得行号。然后通过

sed

将多行空格和制表符转换为单个空格。然后通过管道将其输送到

cut

中，以拉出您要查找的行号和值。

cat您的_文件| tr-s''、'|cut-d'、“-f 12 | sed'/^\s*$/d'

目前为止工作正常，并将文件限制在需要检查阈值的值列中。同时

cat-n

工作并添加行号。但是我不知道如何把这些东西结合起来。因此，如何逐行打印出带有此“值<阈值”作为参数的行我可能已经找到了一种解决方法，但对于文件夹中的i，它仍然不是100%有效的

；读行时执行

；do

x=echo“$line”| tr-s”、“| cut-d”、“-f 11

如果$x>5，则echo“$line”；fi done但是，由于并非每一行都包含x.xxx，因此它还会返回空格和“---”。而if子句不起作用。我曾想过通过管道x通过

|printf“%.*f\n”0进行四舍五入，但这始终只能得到0。在shell中，
printf“%.*f\n”0 5.555
工作正常